Warum sind internationale Leitlinien zur Untersuchung des Darmmikrobioms in der klinischen Praxis wichtig?

Am 5. Dezember 2024 veröffentlichte eine internationale Gruppe von Mikrobiologen ihre internationale Konsenserklärung zu Mikrobiomtests in der klinischen Praxis im Lancet ( siehe Link hier ). Dieses Dokument sollte internationale Richtlinien für gute Praktiken zur Darmmikrobiomtestung für den Einsatz in der klinischen Praxis liefern. Während die wissenschaftlichen Erkenntnisse über die große Bedeutung der Mikroorganismen im Darmmikrobiom und ihren Zusammenhang mit vielen Aspekten der menschlichen Gesundheit immer mehr zunehmen, glauben Experten, dass die Darmmikrobiomtechnologie in der klinischen Praxis immer häufiger eingesetzt wird. Daher ist es wichtig, internationale Richtlinien für den Einsatz von Darmmikrobiomtests in der klinischen Praxis festzulegen.

Wie schneidet der InnerBuddies-Test im Vergleich zu diesen internationalen Richtlinien ab?

InnerBuddies ist ein wissenschaftsorientiertes Unternehmen und ein Spin-off der Universität Maastricht. Das heißt, wir sind stets darauf bedacht, sicherzustellen, dass unsere Produkte auf dem neuesten Stand der wissenschaftlichen Erkenntnisse und Entwicklungen sind. Daher wollten wir unser bestehendes Produkt natürlich anhand der internationalen Richtlinien überprüfen, die von einer internationalen Expertengruppe festgelegt wurden.

Die internationalen Richtlinien bestehen aus 35 verschiedenen Aussagen, die in fünf verschiedene Arbeitsgruppen unterteilt sind. Im Folgenden gehen wir alle 35 verschiedenen Aussagen durch und erklären, wie die InnerBuddies-Technologie mit allen diesen Aussagen übereinstimmt.

Wie Sie unten sehen können, erfüllt InnerBuddies 32 der 35 Richtlinien vollständig und entspricht den verbleibenden 3 Richtlinien teilweise.

Arbeitsgruppe 1: Allgemeine Grundsätze und Mindestanforderungen für die Bereitstellung von Mikrobiomtests

Diese Arbeitsgruppe konzentrierte sich auf allgemeine Prinzipien und einige Mindestanforderungen für Mikrobiomtests.

Aussage 1: Anbieter von Mikrobiomtests sollten eine vernünftige, zuverlässige, transparente und wissenschaftliche Darstellung des Tests kommunizieren und den Kunden klar machen, dass es nur wenige Belege für seine Anwendbarkeit in der klinischen Praxis gibt.

InnerBuddies konzentriert sich auf:

• Wir nehmen nur Funktionen in das Dashboard und die Berichte auf, für die unserer Meinung nach ausreichend wissenschaftliche Belege vorliegen. Alle Funktionen, die auf unserer Plattform eingeführt werden, müssen von Koen Venema freigegeben werden, einem international anerkannten Mikrobiologie-Experten mit mehr als 30 Jahren Erfahrung und einem Hintergrund von den Universitäten Wageningen, Maastricht und TNO.
• Die wissenschaftliche Sprache in eine Sprache zu übersetzen, die für normale Verbraucher verständlich ist. Genau das ist der schwierigste Teil unserer Arbeit: all dieses wissenschaftliche Material in eine Sprache zu übersetzen, die die Kunden verstehen.
• Für eine ordnungsgemäße Verwendung in der klinischen Praxis sollten Darmmikrobiomtests näher an spezifischen medizinischen Indikationen liegen. Derzeit gibt es jedoch noch begrenzte Beweise (und Genauigkeit), um dies tun zu können. Aus diesem Grund konzentriert sich das aktuelle InnerBuddies-Produkt auf die gesunde Bevölkerung und allgemeine Gesundheitsthemen (und nicht auf spezifische medizinische Indikationen).

Aussage 2: Die Bereitstellung eines Mikrobiomtests umfasst einen komplexen Rahmen, von der Entnahme biologischer Proben über die Sequenzierung des mikrobiellen Genoms und computergestützte Analysen bis hin zur Veröffentlichung eines interpretierbaren Berichts. Daher
Anbieter von Mikrobiomtests sollten Experten mit multidisziplinären Kompetenzen umfassen

Genau hier hat das Team von InnerBuddies ein starkes Alleinstellungsmerkmal (USP), da unser Team drei verschiedene Disziplinen vereint:

• Mikrobiologie: Hier dreht sich alles um das Wissen und die Fachkompetenz rund um Labortests
• Ernährungsberater: Dabei geht es um das Wissen und die Expertise rund um Lebensmittel, Ernährung und Gesundheit, aber auch darum, wie man den Verbrauchern alles so präsentiert, dass sie verstehen, was sie tun, und dass den Verbrauchern Ernährungsratschläge auf eine umsetzbare Weise präsentiert werden.
• Künstliche Intelligenz (KI), bei der es in diesem Fall darum geht, Big Data aus mikrobiologischen DNA-Tests zu nutzen, um alle in den DNA-Sequenzen enthaltenen Informationen aufzudecken.

Aussage 3: Jede Änderung der klinischen Behandlung der Patienten auf der Grundlage von Mikrobiomtests sollte nur von den überweisenden Ärzten oder medizinischem Fachpersonal vorgenommen werden.

Für InnerBuddies bezieht sich der klinische Einsatz von Darmmikrobiomtests auf die Verwendung von Darmmikrobiomtests im Zusammenhang mit bestimmten Erkrankungen. Wir haben dies folgendermaßen übersetzt:

• Wir unterscheiden zwischen der „Verwendung von Darmmikrobiomtests durch Verbraucher“ und der „Verwendung von Darmmikrobiomtests durch medizinisches Fachpersonal“. Wir bedienen beide Arten von Kunden. Unsere Erfahrung hat jedoch auch gezeigt, dass Verbraucher die Informationen in einer sehr einfachen und umsetzbaren Form benötigen, während medizinisches Fachpersonal eher technische Informationen sehen möchte. Aus diesem Grund werden wir ein separates „Experteninformationsmodul“ für medizinisches Fachpersonal erstellen, das detailliertere technische Informationen zum Darmmikrobiomtest enthält.
• In unserem aktuellen InnerBuddies-Produkt bieten wir keine krankheitsbezogene Bewertung des Darmmikrobioms oder Beratung zu bestimmten Krankheiten an. Das InnerBuddies-Team ist jedoch dabei, unabhängige klinische Studien (mit Universitäten) zu bestimmten Krankheiten zu organisieren, bei denen die personalisierte Ernährungsberatung von InnerBuddies auf bestimmte Krankheiten zugeschnitten wird. Nach positiven klinischen Tests soll diese Funktionalität in separaten Produkten verfügbar sein, die im Rahmen der Medizinprodukteverordnung für diese spezifischen Krankheiten erstattungsfähig sind.

Aussage 4: Labore, die Darmmikrobiomtests durchführen, sollten hohe Qualitätsstandards und den Schutz von Patientendaten garantieren und akkreditiert, registriert und reguliert sein.

Als InnerBuddies anfing, nutzten wir das Labor der Universität Maastricht. Derzeit nutzen wir für unsere Darmmikrobiomtests zwei verschiedene externe Labore. Beide Labore haben hohe Qualitätsstandards und sind akkreditiert und reguliert. Mit beiden Laboren haben wir DSGVO-Verarbeitungsvereinbarungen abgeschlossen.

Aussage 5: Um Mikrobiomtests durchführen zu können, sind validierte und aktuelle Computersoftware-Pipelines und Datenbanken erforderlich, die auf die Beschreibung der mikrobiellen Taxonomie abzielen.

Dies ist tatsächlich eine der Stärken des InnerBuddies-Teams, da wir sowohl über umfassende Fachkenntnisse in Mikrobiologie als auch in IKT und künstlicher Intelligenz verfügen. Wir haben die folgenden Dinge eingerichtet:

• In unseren beiden bestehenden externen Laboren verwenden wir zwei verschiedene DNA-Sequenzierungstechnologien für die Untersuchung des Darmmikrobioms: Illumina MiSeq und Oxford Nanopore. Beide DNA-Sequenzer gehören zu den modernsten in der Darmmikrobiomuntersuchung. Illumina MiSeq ermöglicht eine genaue mikrobielle Taxonomie bis zur Gattungsebene, während die Oxford Nanopore Full 16S-Sequenzierung eine genaue mikrobielle Taxonomie bis zur Artenebene ermöglicht.
• Wir haben für jeden dieser DNA-Sequenzer mehrere verschiedene Berechnungspipelines mit Scheinproben getestet, um die beste Berechnungspipeline zu finden (höchste Genauigkeit beim Auffinden der Bakterien, aber auch beim Ermitteln der korrekten Häufigkeit jeder Bakterie). Basierend auf diesen Vergleichen können wir feststellen, dass wir über die genauesten mikrobiellen Taxonomieberechnungen verfügen, die derzeit auf dem Markt erhältlich sind.
• Wir verwenden die SILVA-Datenbank für mikrobielle Taxonomie. Diese Datenbank wird auch von Wissenschaftlern auf der ganzen Welt verwendet, da sie derzeit die beste verfügbare validierte Datenbank für mikrobielle Taxonomie ist.
• Wir haben beide unserer externen Labore mit Scheinproben getestet, um das genaueste Laborverfahren für unsere Proben zu finden. Beispielsweise ist es sehr wichtig, bestimmte Laborverfahren anzuwenden, um sicherzustellen, dass sowohl grampositive als auch gramnegative Bakterien korrekt erkannt werden.

Arbeitsgruppe 2: Verfahrensschritte vor der Prüfung

Diese Arbeitsgruppe konzentriert sich auf bewährte Vorgehensweisen, die vor der eigentlichen Untersuchung des Darmmikrobioms anzuwenden sind.

Aussage 6: Da es kaum Belege für die Anwendbarkeit von Darmmikrobiomtests in der klinischen Praxis gibt, wird von der direkten Anfrage von Patienten nach Mikrobiomtests ohne klinische Empfehlung abgeraten.

InnerBuddies erkennt an, dass es zwei Märkte für Darmmikrobiomtests gibt:

• Verbraucher, die neugierig sind und einen Darmmikrobiomtest durchführen möchten, um zu sehen, wie ihr Darmmikrobiom aussieht. Diese Verbraucher möchten auch personalisierte Ernährungsberatung, personalisierte Ernährungstagebuchberatung und personalisierte Probiotika- und Präbiotikaberatung. Im Allgemeinen gehören diese Verbraucher zur gesunden Bevölkerung und sind bestrebt, an ihrer vorbeugenden allgemeinen Gesundheit zu arbeiten.
• Tests durch medizinisches Fachpersonal (klinische Praxis). Dabei handelt es sich in der Regel um Kunden mit bestimmten Erkrankungen, die nach einer Lösung für ihre Probleme suchen. Aus diesem Grund sprechen sie auch mit medizinischem Fachpersonal. Das Fachpersonal kann dann entscheiden, ob ein Darmmikrobiomtest für den jeweiligen Patienten sinnvoll ist.

InnerBuddies vermarktet seinen Darmmikrobiomtest nicht auf der Grundlage von Erkrankungen. Denn derzeit gibt es tatsächlich noch begrenzte wissenschaftliche Belege für die Verwendung von Darmmikrobiomtests bei bestimmten Erkrankungen. Diese Entscheidung wird medizinischen Fachkräften überlassen, die Patienten klinische Empfehlungen geben können.

Aussage 7: Vor dem Test sollten wichtige klinische Daten des Patienten gesammelt werden, einschließlich der Daten, die die Eigenschaften des Darmmikrobioms beeinflussen könnten. Zu den wesentlichen zu erfassenden Informationen sollten mindestens Alter, Geschlecht, BMI, Ernährungsgewohnheiten, Rauch- und Alkoholstatus, Darmpassagezeit, Komorbiditäten und Medikamente sowie die Krankengeschichte gehören.

Alle InnerBuddies-Kunden müssen einen Fragebogen ausfüllen, der Fragen zu all diesen Themen enthält. Die Antworten auf all diese Fragen werden auch in die Erstellung der personalisierten Beratung in Bezug auf Ernährung, Ernährungstagebuch oder Probiotika und Präbiotika einbezogen.

Aussage 8: Patienten sollten ihre Therapie vor der Untersuchung nicht unterbrechen oder ihre übliche Ernährung ändern, es sei denn, der überweisende Arzt empfiehlt dies.

Das ist richtig, InnerBuddies gibt keine Empfehlung zum Absetzen bestehender Therapien. InnerBuddies empfiehlt auch nicht, die Ernährung vor dem Test umzustellen. Wir geben nach der Durchführung des Tests Diät- und Ernährungsempfehlungen. Dies tun wir auf verschiedene Weise:

• InnerBuddies bietet personalisierte Ernährungstagebuch-Ratschläge. Diese basieren auf dem 3-tägigen Ernährungstagebuch, das die Kunden ausfüllen, sowie den Antworten auf die Umfragefragen (diese Ratschläge basieren nicht auf dem Darmmikrobiomtest). Dieses Produkt generiert zeilenweise Ratschläge für das 3-tägige Ernährungstagebuch, ähnlich dem normalen Verfahren von Ernährungsberatern. Da diese Ratschläge auf der bestehenden Ernährung des Kunden basieren, sind sie für den Kunden sehr praktisch und umsetzbar, wenn er sie weiterverfolgt.
• Die personalisierte Ernährungsberatung von InnerBuddies basiert auf dem Darmmikrobiomtest und den Antworten auf die Fragen aus der Umfrage. In diesem Produkt empfehlen wir bestimmte Lebensmittel, die der Ernährung hinzugefügt werden sollten, und bestimmte Lebensmittel, die vermieden werden sollten.

Aussage 9: Die Sammlung von Stuhlproben sollte jegliche Umweltkontamination vermeiden und die Erhaltung des Genoms gewährleisten

InnerBuddies konzentriert sich auf das Sammeln von Samples mit guter Qualität und Stabilität. Zu diesem Zweck tun wir zwei konkrete Dinge:

• In unserem physischen Testkit haben wir alle Arten von Materialien enthalten, die dem Verbraucher das einfache Sammeln der Stuhlprobe in der Toilette erleichtern. Dazu gehört auch Sammelband, das Sie an Ihrer Toilette anbringen und mit dem Sie den Kot leicht auffangen können, damit er nicht in das Toilettenwasser fällt.
• Wir haben auch ein Röhrchen mit einer Pufferflüssigkeit, sodass das gesammelte Material etwa 2 Jahre lang stabil und lagerfähig bleibt. InnerBuddies arbeitet derzeit mit Lieferanten zusammen, um Pufferflüssigkeiten zu entwickeln, die die Probe über einen längeren Zeitraum stabil halten.

Aussage 10: Gesammelte Proben sollten innerhalb der empfohlenen Zeiträume und unter den in den Anweisungen der Sammelkits beschriebenen Bedingungen an Testlabore mit Sicherheitsstandards für die Mikrobiomsequenzierung versandt werden. Nach dem Eintreffen sollten die Proben bis zur weiteren Verarbeitung bei –80 °C gelagert werden.

Unsere beiden externen Labore lagern alle erhaltenen Proben nach ihrer Ankunft frei getrocknet (bei -80 Grad Celsius). Beide Labore verfügen über Sicherheitsstandards und sind akkreditiert. Beide Labore verwenden unterschiedliche DNA-Sequenzierungsgeräte und ihre Verarbeitungszeitpläne richten sich nach ihren Service Level Agreements (SLAs).

Aussage 11: Die Analyse des Mikrobioms aus anderen biologischen Proben als Fäkalien, einschließlich Vaginal-, Haut- und Mundabstrichen, Speichel- und Muttermilchproben, sollte gemäß den vorhandenen wissenschaftlichen Erkenntnissen und klinischen Indikationen durchgeführt werden.

InnerBuddies verarbeitet derzeit nur Stuhlproben (aus Fäkalien), obwohl wir an Multi-Omics-Angeboten arbeiten, bei denen wir auch andere Probentypen verarbeiten. In all diesen Fällen arbeiten wir natürlich gemäß den vorhandenen wissenschaftlichen Erkenntnissen und klinischen Indikationen.

Arbeitsgruppe 3: Mikrobiomanalyse

Diese Arbeitsgruppe konzentrierte sich auf die eigentlichen Laborprozesse und -techniken sowie auf den Analyseteil des Darmmikrobioms.

Aussage 12: Geeignete Methoden zur Profilierung der Darmmikrobiom-Community umfassen die Amplikonsequenzierung und die Sequenzierung des gesamten Genoms

InnerBuddies verwendet Next Generation Sequencing (NGS)-Technologien und insbesondere Amplikonsequenzierung der 16S-Region. Bei Illumina MiSeq konzentrieren wir uns auf die 16S V3/4-Region, während wir uns bei Oxford Nanopore auf die Full16S-Region konzentrieren. Derzeit führen wir auch einige Experimente mit Shotgun Sequencing (Gesamtgenomsequenzierung) durch.

Während Wettbewerber manchmal Techniken wie qPCR, PCR oder Durchflusszytometrie einsetzen (diese Techniken sind im Allgemeinen billiger als NGS-Techniken), sind sie auch weniger genau und liefern kein vollständiges Bild der Darmmikrobiom-Gemeinschaft.

Aussage 13: Multiplex-PCR und Bakterienkulturen können zwar potenziell nützlich sein, können aber weder als Mikrobiomtests noch als Ersatz für die Mikrobiomprofilierung betrachtet werden.

Siehe oben Aussage 12. InnerBuddies verwendet keine Techniken wie Multiplex-PCR und Bakterienkulturen. Wir verwenden die teureren (und genaueren) Amplikonsequenzierungstechniken.

Aussage 14: Die Vorverarbeitung der sequenzierten Rohdaten sollte vor der Analyse detailliert erfolgen

Tatsächlich führt InnerBuddies vor der Analyse alle Arten von Vorverarbeitung und Filterung durch:

1. Entfernen der Zündhütchen
2. Herausfiltern von Sequenzen geringer Qualität
3. Herausfiltern zu kurzer oder zu langer Sequenzen
4. Durchführen einer Chimärenfilterung
5. Und so weiter

Aussage 15: Die Mikrobiomanalyse sollte Kennzahlen zur Alpha-Diversität umfassen, darunter Reichtum und Gleichmäßigkeit

InnerBuddies bietet tatsächlich Alpha-Diversitätsmetriken wie Shannons Index, Pielou Eveness (Gleichmäßigkeit) und Anzahl der OTUs (Reichtum).

Alpha-Diversitätsmetriken sind die wichtigsten Metriken für die Qualität des Darmmikrobioms, da sie in der wissenschaftlichen Forschung mit vielen gesundheitlichen Hinweisen in Verbindung gebracht wurden.

Aussage 16: Beta-Diversitätsmaßnahmen sollten in die Mikrobiomanalyse einbezogen werden

InnerBuddies verwendet eine gesunde Kohorte, die im Grunde eine Form der Beta-Diversität darstellt. Wir vergleichen die Häufigkeit der 35 wichtigsten Bakterien (unsere Schlüsselbakterien) mit den gesunden Bereichen der gesunden Kohorte. Dadurch wird die Qualität des Darmmikrobioms mit einer Kohorte bekanntermaßen gesunder Menschen verglichen und den Menschen Hinweise gegeben, wo die Qualität ihres Darmmikrobioms möglicherweise verbessert werden könnte.

Aussage 17: Eine vollständige taxonomische Profilierung der Darmmikrobengemeinschaften ist ein wesentlicher Bestandteil der Mikrobiomuntersuchung

InnerBuddies führt ein vollständiges taxonomisches Profil der Darmmikrobengemeinschaften durch. Kunden oder medizinisches Fachpersonal können diese Daten sogar im CSV-Format von unserem Portal herunterladen. Dies bietet vollständige Transparenz über das vollständige taxonomische Profil der Stuhlprobe.

Aussage 18: Ein angemessener Vergleich mit einer passenden gesunden Kontrollgruppe sollte in die Mikrobiomuntersuchung einbezogen werden, um die Interpretation des taxonomischen und Diversitätsprofils des Patienten zu erleichtern

InnerBuddies gleicht das taxonomische und Diversitätsprofil mit einer gesunden Kohorte ab. Ursprünglich begann InnerBuddies mit einer gesunden Kohorte, die wir von der Universität Maastricht übernommen hatten. Nach einiger Zeit sammelte InnerBuddies jedoch viel mehr Kundendaten (mit strukturierten Metadaten), sodass InnerBuddies nun in der Lage ist, seine gesunde Kohorte auf Grundlage seiner umfangreichen Datenbank regelmäßig zu aktualisieren.

InnerBuddies geht jetzt auch zu einer gesunden Kohorte für bakterielle Stoffwechselwege über. Bakterielle Stoffwechselwege sind über Regionen und Kontinente hinweg stabiler und bieten sogar eine bessere Grundlage für den Vergleich gesunder Kohorten. Dies ist sogar noch fortschrittlicher und aktueller als das, was die an den internationalen Richtlinien beteiligten Mikrobiologie-Experten vorschlagen.

Aussage 19: Eine Längsschnittuntersuchung des Patientenmikrobioms zu verschiedenen Zeitpunkten könnte in bestimmten klinischen Szenarien nützlich sein

InnerBuddies ermöglicht seinen Kunden (und medizinischen Fachkräften), mehrere Tests zu verschiedenen Zeitpunkten durchzuführen und sie miteinander zu vergleichen. InnerBuddies bietet auch Jahresabonnements an, die die Durchführung mehrerer Tests im Laufe des Jahres beinhalten. So können Kunden ihre Fortschritte verfolgen, indem sie unsere verschiedenen Arten personalisierter Beratung in Anspruch nehmen.

Die InnerBuddies-Plattform enthält umfangreiche Funktionen, die einen einfachen, detaillierten Vergleich dieser verschiedenen Tests ermöglichen.

Aussage 20: Die metabolomische Analyse von Bioflüssigkeiten wird in der klinischen Praxis nicht empfohlen. Es wird davon abgeraten, anhand des taxonomischen Profils auf das „metabolische Potenzial“ des Mikrobioms des Patienten zu schließen.

Die meisten wissenschaftlichen Forschungen der letzten zwei Jahre zum menschlichen Darmmikrobiom konzentrieren sich auf die metabolischen Funktionen der Bakterien und nicht auf die Betrachtung der Bakterienpopulation allein. Verschiedene Bakterien können ähnliche biologische Funktionen haben. Dies wird als „metabolisches Potenzial“ des Darmmikrobioms bezeichnet, da man durch die Betrachtung der Stoffwechselwege grundsätzlich die biologischen Funktionen betrachten kann, die von den Bakterien im Darmmikrobiom ausgeführt werden.

Es gibt verschiedene Technologiebibliotheken, die zur Berechnung von Stoffwechselwegen verwendet werden können. InnerBuddies verwendet PictRust2, die angesehenste Bibliothek, die in den meisten wissenschaftlichen Forschungsarbeiten verwendet wird. Es gibt zwei Arten der DNA-Sequenzierung, für die diese Bibliotheken verwendet werden können:

• 16S-Sequenzierung (auch Amplikonsequenzierung genannt)
• Shotgun-Sequenzierung

Nachfolgend finden Sie eine Übersicht über diese beiden Sequenzierungsarten.

Momentan verwendet InnerBuddies in seinem Produkt die 16S-Amplikonsequenzierung. Der Grund dafür ist, dass dies die genaueste Methode zur Bakterienprofilierung ist. Für die funktionelle Profilierung (Vorhersage des Stoffwechselwegpotenzials) ist die Shotgun-Sequenzierung genauer, allerdings ist diese Methode mehr als doppelt so teuer wie die 16S-Amplikonsequenzierung (was den Preis des InnerBuddies-Produkts um den Faktor 2 erhöhen würde).

InnerBuddies strebt für seine Produkte stets das beste Preis-Leistungs-Verhältnis an. Aus wissenschaftlichen Untersuchungen wissen wir, dass das funktionelle Profiling durch 16S-Amplikonsequenzierung etwa 90 % der Genauigkeit erreicht, die mit dem funktionellen Profiling durch Shotgun-Sequenzierung erreicht wird. Während für die klinische Praxis der tatsächliche Preis des Testprodukts weniger relevant sein mag, ist der Preis für die Verwendung des InnerBuddies-Produkts durch den Verbraucher sehr relevant (da die Kunden es selbst bezahlen müssen).

Aus wissenschaftlicher Sicht wäre es also am genauesten, die 16S-Amplikonsequenzierung für das Bakterienprofiling und die Shotgun-Sequenzierung für das Funktionsprofiling zu verwenden. Insgesamt würde dies den Preis des InnerBuddies-Produkts um den Faktor 3 erhöhen. InnerBuddies hat sich daher entschieden, die 16S-Amplikonsequenzierung für beide Zwecke zu verwenden, um den Produktpreis niedrig zu halten. Da die Genauigkeit des Funktionsprofilings etwa 90 % der Genauigkeit der Shotgun-Sequenzierung beträgt, ist dies für InnerBuddies ein akzeptabler Kompromiss.

Wenn das InnerBuddies-Produkt in der klinischen Praxis (für bestimmte medizinische Indikationen) verwendet wird, könnte dies dazu führen, dass wir auch die Shotgun-Sequenzierung in das Produkt integrieren. Da das Produkt für die klinische Praxis wahrscheinlich von den Krankenkassen erstattet würde, wäre das Verhältnis zwischen Qualität und Kosten anders. Für Zwecke der klinischen Praxis würden wir eher die Shotgun-Sequenzierung bevorzugen. InnerBuddies verwendet übrigens derzeit bereits die Shotgun-Sequenzierung für sein InnerSoils-Bodenmikrobiomgeschäft.

Arbeitsgruppe 4: Merkmale von Berichten

Diese Arbeitsgruppe konzentrierte sich auf bewährte Vorgehensweisen im Bereich der Anzeige von Ergebnissen und Empfehlungen aus der Mikrobiomanalyse.

Aussage 21: Daten zur Krankengeschichte des Patienten sollten im Abschlussbericht erscheinen

InnerBuddies zeigt die Antworten auf den Umfragefragebogen als Teil seines Kunden-Dashboards an.

Aussage 22: Der Bericht sollte das Testprotokoll kurz und detailliert beschreiben, einschließlich der Methoden zur Stuhlentnahme und -lagerung, DNA-Extraktion, Amplifikation, Sequenzierung und Analysen nach der Sequenzierung.

Wir betrachten diese Art von Informationen als geistiges Eigentum (IP) von InnerBuddies. Es hat viel Zeit, Geld und Mühe gekostet, einen Workflow für die Darmmikrobiomanalyse von hoher und stabiler Qualität zu entwickeln.

Für Zwecke der klinischen Praxis sind wir uns jedoch darüber im Klaren, dass diese Art von Informationen für medizinisches Fachpersonal relevant ist. Sobald wir unsere Produkte für die klinische Praxis (mit Fokus auf bestimmte Erkrankungen) auf den Markt bringen, werden wir diese Art von Informationen selbstverständlich einschließen.

Aussage 23: Die in der Testphase bewerteten Alpha- und Beta-Diversitätsmaßnahmen sollten in den Abschlussbericht aufgenommen werden

InnerBuddies schließt beide Datentypen sowohl in sein Kunden-Dashboard als auch in seine PDF-Berichte ein.

Aussage 24: Die Zusammensetzung des Mikrobioms sollte mit der größtmöglichen taxonomischen Auflösung beschrieben werden

InnerBuddies bietet taxonomische Auflösung auf Gattungsebene für die Illumina MiSeq 16S V3/4-Regionstests. Wir bieten für diese Analyse keine Auflösung auf Artenebene an, da wir wissen, dass diese nicht genau genug ist (obwohl wir Wettbewerber sehen, die dies mit dieser Art von Technologie tun).

InnerBuddies bietet taxonomische Auflösung auf Artenebene für den Oxford Nanopore Full16S-Test. Wir bieten für diese Analyse keine Auflösung auf Stammebene an, da wir wissen, dass diese nicht genau genug ist.

Unsere Kunden können das vollständige taxonomische Profil in den Formaten CSV und Excel von unserem Kunden-Dashboard herunterladen. Dies ist eine ziemlich einzigartige Funktion, da die meisten Unternehmen, die Darmmikrobiomtests durchführen, diese Option nicht anbieten.

Aussage 25: Der Bericht sollte alle Taxa umfassen, die sich deutlich von gesunden Kontrolltieren und bekannten mikrobiellen Krankheitserregern unterscheiden. Der Bericht über bestimmte gesundheitsrelevante Taxa und Cluster, unabhängig von ihrer Häufigkeit, könnte von Interesse sein, trotz der spärlichen Beweise für einen kausalen Zusammenhang mit menschlichen Krankheiten.

InnerBuddies bezieht beide Aspekte in seine Berichterstattung ein. InnerBuddies verwendet seine Top 35 wichtiger Bakterien (Schlüsselbakterien). Diese Top 35 wurden als die Bakterien festgelegt, über die die Wissenschaft am meisten Wissen besitzt. InnerBuddies unterteilt diese Bakterien in positive Bakterien, negative Bakterien und andere relevante Bakterien (die Wissenschaft weiß, dass diese anderen relevanten Bakterien wichtig sind, aber die Wissenschaft ist sich noch nicht 100 %ig im Klaren darüber, ob diese Bakterien gut oder schlecht sind).

Alle 35 wichtigsten Bakterien werden hinsichtlich ihrer Häufigkeit mit unserer gesunden Kohorte verglichen. Für jedes Bakterium in den Top 35 fügen wir Informationen zur Rolle und Funktion dieses Bakteriums hinzu.

Aussage 26: Von der Angabe des Verhältnisses von Firmicutes zu Bacteroidetes bei der Mikrobiomuntersuchung wird abgeraten

Während viele andere Unternehmen, die Darmmikrobiomtests durchführen, dieses Verhältnis tatsächlich in ihren Berichten angeben, hat InnerBuddies beschlossen, dies nicht zu tun. Es ist ein ziemlich alter Brauch, dieses spezifische Verhältnis anzugeben, und die Wissenschaft ist sich derzeit bewusst, dass dieses Verhältnis nicht wirklich wichtig und schlüssig ist.

Aussage 27: Es gibt nicht genügend Beweise, um einen Dysbiose-Index in den Bericht über Mikrobiomtests aufzunehmen, aber diese Messwerte erfordern weitere Forschung

Wir haben tatsächlich gesehen, dass andere Unternehmen, die Darmmikrobiomtests durchführen, Dinge wie den „Dysbiose-Index“ oder den „Allgemeinen Darmgesundheits-Index“ anbieten, die im Grunde versuchen, die Darmgesundheit in einer einfachen Zahl darzustellen. Während viele Wissenschaftler daran arbeiten, einen solchen einfachen Index zu finden, gibt es derzeit keine allgemein akzeptierte und korrekte Methode, die Darmgesundheit in einer einfachen Zahl darzustellen. Daher hat InnerBuddies beschlossen, eine solche Zahl noch nicht in sein Kunden-Dashboard oder seine PDF-Berichte aufzunehmen. Wir arbeiten jedoch mit Universitäten an neuen Innovationen, die eine solche einfache Darmgesundheitszahl ermöglichen könnten.

Aussage 28: Im Allgemeinen gibt es nicht genügend Informationen, um strenge gesunde Referenzbereiche für die relative Häufigkeit von Arten anzugeben.

Eine der oben genannten bewährten Methoden ist die Verwendung einer gesunden Kohorte (Beta-Diversität), um die Darmmikrobiomzusammensetzung aus der Stuhlprobe mit der gesunden Kohorte zu vergleichen. InnerBuddies verwendet eine gesunde Kohorte, die auf Gattungsebene und nicht auf Artebene definiert ist. Und das liegt genau an dieser Richtlinie, da nicht genügend Informationen vorhanden sind, um Min-Max-Werte einer gesunden Kohorte basierend auf den relativen Häufigkeitswerten der Arten zu melden.

Aussage 29: Die Verwendung einer benutzerfreundlichen Infografik – z. B. Balken- oder Boxplots, die die relativen Häufigkeiten wichtiger Taxa anzeigen – wird empfohlen, um den Bericht leicht interpretierbar zu machen, während einfache Ordinationswerte der Taxa vermieden werden sollten.

Seit seiner Gründung im Jahr 2021 hat InnerBuddies viel Zeit damit verbracht, darüber nachzudenken, wie man seinen Kunden die Informationen zu Darmmikrobiomtests mithilfe von Visualisierungstechniken am besten präsentieren kann. Wir verwenden Infografik-Visualisierungen, um zu zeigen, wie sich die Häufigkeit eines bestimmten Bakteriums im Vergleich zu den gesunden Bereichen für dieses Bakterium verhält.

Aussage 30: Das Gremium rät davon ab, nach dem Test therapeutische Ratschläge des Testanbieters zu melden.

Das Expertengremium hat darauf hingewiesen, dass es noch nicht genügend Beweise gibt, um nach der Untersuchung therapeutische Ratschläge auf der Grundlage der Darmmikrobiomuntersuchung geben zu können. InnerBuddies bietet jedoch drei Arten von personalisierter Beratung an:

1. Individuelle Ernährungsberatung
2. Personalisierte Ernährungstagebuch-Beratung
3. Personalisierte Probiotika- und Präbiotika-Beratung

InnerBuddies bietet diese Beratungsprodukte jedoch nicht nur auf der Grundlage der Ergebnisse des Darmmikrobiomtests an, sondern auch auf der Grundlage der Antworten auf den Umfragefragebogen und das 3-tägige Ernährungstagebuch, die die Kunden ausfüllen. Tatsächlich basiert die personalisierte Ernährungstagebuchberatung in erster Linie auf dem 3-tägigen Ernährungstagebuch und nicht auf dem Darmmikrobiomtest. Auch die personalisierte Probiotika- und Präbiotikaberatung basiert eher auf dem Umfragefragebogen als auf dem Darmmikrobiomtest. Dafür gibt es einen einfachen Grund:

• Die meisten Probiotika wurden klinisch auf bestimmte Funktionen und Zielgruppen hin validiert. Diese Informationen stammen aus dem Umfragefragebogen und nicht aus dem Darmmikrobiomtest.
• Viele der klinisch validierten Bakterienstämme sind sogenannte „synthetische Bakterienstämme“, d. h. sie wurden im Labor hergestellt und kommen natürlicherweise nicht im Darmmikrobiom vor. Daher kann ein Darmmikrobiomtest diese Bakterienstämme normalerweise nicht messen, es sei denn, der Kunde hat diesen spezifischen probiotischen Stamm kürzlich als Teil eines Nahrungsergänzungsmittels eingenommen.

Die personalisierte Ernährungsberatung von InnerBuddies basiert auf einer Kombination aller drei Datenquellen (Fragebogen, 3-tägiges Ernährungstagebuch und Darmmikrobiomtest). Der Darmmikrobiomteil basiert jedoch stark auf spezifischen Datensätzen und Algorithmen, die Eigentum von InnerBuddies sind. Diese sind für die Wissenschaft nicht verfügbar. InnerBuddies arbeitet jedoch mit Universitäten zusammen, um diese proprietären Datensätze und Algorithmen in klinischen Studien zu validieren. Sobald die Forschung in Form wissenschaftlicher Veröffentlichungen verfügbar ist, können Sie sie auf dieser Website finden. Aber die Umwandlung von Darmmikrobiomtests in personalisierte Ernährungsberatung ist definitiv auf dem neuesten Stand der Technik und InnerBuddies ist auf diesem Gebiet ziemlich einzigartig.

Aussage 31: Rohdaten können dem Patienten auf Anfrage (z. B. für eine Zweitmeinungsanalyse) in Form von Amplikon- oder Metagenom-Reads (basierend auf der Sequenzierungsmethode) zur Verfügung gestellt werden.

Ja, InnerBuddies ermöglicht seinen Kunden, das vollständige taxonomische Profil von seinem Kunden-Dashboard herunterzuladen.

Arbeitsgruppe 5: Relevanz der Mikrobiomdiagnostik in der klinischen Praxis: Gegenwart und Zukunft

Diese Arbeitsgruppe konzentrierte sich hauptsächlich auf den zukünftigen Einsatz von Darmmikrobiomtests in der klinischen Praxis.

Aussage 32: Es gibt nicht genügend Belege, um den routinemäßigen Einsatz von Mikrobiomtests in der klinischen Praxis allgemein zu empfehlen. Dies sollte durch spezielle Studien unterstützt werden.

Tatsächlich werden Darmmikrobiomtests derzeit in der klinischen Praxis nicht häufig eingesetzt. Angesichts der zunehmenden Beweise für die Bedeutung der Darmmikrobiomgesundheit für die menschliche Gesundheit erwarten Experten jedoch, dass Darmmikrobiomtests in den nächsten 5 bis 10 Jahren in der klinischen Praxis genauso normal werden wie Bluttests. InnerBuddies möchte an der Spitze dieser Entwicklung stehen. Daher arbeitet InnerBuddies aktiv mit Universitäten zusammen, um seinen Personalisierungsalgorithmus in klinischen Studien zu testen, die auf bestimmte Erkrankungen ausgerichtet sind.

Aussage 33: Qualitative oder quantitative Daten aus Mikrobiomberichten könnten bei der Behandlung verschiedener Erkrankungen hilfreich sein, obwohl es noch nicht genügend Belege für ihre Anwendung in der klinischen Praxis gibt.

Das ist richtig. Allerdings untersuchen mehrere Forschungsprojekte den klinischen Praxisnutzen von Darmmikrobiomtests für bestimmte Erkrankungen. InnerBuddies ist beispielsweise an Studien zu Fettleibigkeit, Reizdarmsyndrom, Stress und anderen Erkrankungen beteiligt. Diese Produkte werden natürlich erst auf den Markt gebracht, wenn positive klinische Testdaten vorliegen.

Aussage 34: Studien zur Bewertung des Nutzens der Mikrobiomprofilierung bei verschiedenen Erkrankungen sind erforderlich, um Tests in die klinische Praxis einführen zu können

Ja, es werden viele Studien durchgeführt, um die Genauigkeit von Darmmikrobiomtests zum „Testen“ auf bestimmte Krankheiten zu untersuchen. In der Hoffnung, dass Tests entwickelt werden können, die frühzeitig vor diesen Krankheiten warnen. InnerBuddies ist beispielsweise an Studien zu Fettleibigkeit, Reizdarmsyndrom, Stress und anderen Erkrankungen beteiligt. Diese Produkte werden natürlich erst auf den Markt gebracht, wenn positive Daten aus klinischen Studien vorliegen.

Aussage 35: Die Offenlegung der potenziellen Vorteile und Fallstricke von Mikrobiomtests sowie Schulungen zu den Grundlagen der Mikrobiomwissenschaft und zur Interpretation von Mikrobiomberichten werden befürwortet, um deren Einsatz in der klinischen Praxis zu fördern und zu verbreiten.

Ja, InnerBuddies arbeitet mit medizinischen Fachkräften zusammen, um sie über die Vorteile von Darmmikrobiomtests und die heutigen wissenschaftlichen Möglichkeiten zu informieren. InnerBuddies wird dies auch weiterhin tun, sobald neue wissenschaftliche Erkenntnisse vorliegen und diese Art von Tests in der klinischen Praxis häufiger eingesetzt werden.