Pourquoi les lignes directrices internationales sur les tests du microbiome intestinal dans la pratique clinique sont-elles importantes ?

Le 5 décembre 2024, un groupe international de scientifiques en microbiologie a publié dans la revue The Lancet () sa déclaration de consensus internationale sur les tests du microbiome dans la pratique clinique. Cet article avait pour but de donner des lignes directrices internationales sur les bonnes pratiques de test du microbiome intestinal à utiliser dans la pratique clinique. Alors que les preuves scientifiques continuent de s'accumuler sur la forte importance des micro-organismes dans le microbiome intestinal et sur leur relation avec de nombreux aspects de la santé humaine, les experts pensent que la technologie du microbiome intestinal sera de plus en plus utilisée dans la pratique clinique. Il est donc important d'établir des lignes directrices internationales pour l'utilisation des tests du microbiome intestinal dans la pratique clinique.

Comment le test InnerBuddies se compare-t-il à ces directives internationales ?

InnerBuddies est une entreprise axée sur la science et nous sommes une spin-off de l'Université de Maastricht. Cela signifie que nous veillons toujours à ce que nos produits soient à jour avec les dernières connaissances et développements scientifiques. Nous étions donc évidemment désireux de vérifier notre produit existant par rapport aux directives internationales établies par un groupe international d'experts.

Les directives internationales se composent de 35 déclarations différentes réparties en cinq groupes de travail différents. Ci-dessous, nous allons passer en revue les 35 déclarations différentes et expliquer comment la technologie InnerBuddies s'adapte à toutes ces déclarations.

Comme vous pouvez le voir ci-dessous, InnerBuddies répond entièrement à 32 des 35 directives et est partiellement conforme aux 3 directives restantes.

Groupe de travail 1 : principes généraux et exigences minimales pour la réalisation de tests sur le microbiome

Ce groupe de travail s'est concentré sur les principes généraux et certaines exigences minimales pour les tests du microbiome.

Déclaration 1 : Les prestataires de tests du microbiome doivent communiquer une représentation raisonnable, fiable, transparente et scientifique du test, en informant clairement les clients des rares preuves de son applicabilité dans la pratique clinique.

InnerBuddies se concentre sur :

• Nous n'incluons dans notre tableau de bord et nos rapports que les fonctionnalités pour lesquelles nous estimons qu'il existe suffisamment de preuves scientifiques. Toutes les fonctionnalités lancées sur notre plateforme doivent être approuvées par Koen Venema, un expert international reconnu en microbiologie avec plus de 30 ans d'expérience acquise à l'Université de Wageningen, à l'Université de Maastricht et au TNO.
• Traduire le langage scientifique en langage compréhensible pour le consommateur lambda. C'est précisément la partie la plus difficile de notre travail : traduire tout ce matériel scientifique en langage compréhensible pour le consommateur.
• Pour une utilisation appropriée dans la pratique clinique, les tests du microbiome intestinal doivent se rapprocher d'indications médicales spécifiques. Cependant, à l'heure actuelle, les preuves (et la précision) permettant de le faire sont encore limitées. C'est pourquoi le produit InnerBuddies actuel est axé sur la population en bonne santé et sur des sujets de santé généraux (et non sur des indications médicales spécifiques).

Déclaration 2 : La fourniture d’un test de microbiome implique un cadre complexe, allant de la collecte d’échantillons biologiques au séquençage du génome microbien et aux analyses informatiques, jusqu’à la publication d’un rapport interprétable. Par conséquent, les prestataires de tests de microbiome doivent inclure des experts dotés de compétences multidisciplinaires

C'est en fait là que l'équipe d'InnerBuddies a un argument de vente unique (USP) fort puisque notre équipe combine trois disciplines différentes :

• La microbiologie, qui concerne l'ensemble des connaissances et de l'expertise en matière de tests en laboratoire
• Les diététiciens, qui s'intéressent aux connaissances et à l'expertise en matière d'alimentation, de nutrition et de santé, mais aussi à la manière de tout présenter aux consommateurs afin qu'ils puissent comprendre ce qu'ils font et que les conseils nutritionnels soient présentés de manière exploitable aux consommateurs.
• L'intelligence artificielle (IA) qui, dans ce cas, consiste à utiliser les Big Data provenant des tests ADN microbiologiques pour découvrir toutes les informations incluses dans les séquences d'ADN.

Déclaration 3 : Tout changement dans la prise en charge clinique des patients sur la base des tests du microbiome ne doit être effectué que par leur médecin traitant ou par des professionnels de la santé.

Pour InnerBuddies, l'utilisation clinique des tests du microbiome intestinal fait référence à l'utilisation des tests du microbiome intestinal liés à des conditions médicales spécifiques. Nous avons traduit cela de la manière suivante :

• Nous faisons une distinction entre les tests du microbiome intestinal destinés aux consommateurs et ceux destinés aux professionnels de la santé. Nous servons les deux types de clients. Mais notre expérience nous a également appris que les consommateurs ont besoin d'informations simples et exploitables, tandis que les professionnels de la santé souhaitent voir des informations plus techniques. C'est pourquoi nous allons créer un module « Informations spécialisées » distinct pour les professionnels de la santé, qui comprend des informations techniques plus détaillées sur le test du microbiome intestinal.
• Dans notre produit actuel, InnerBuddies ne fournit aucune évaluation du microbiome intestinal liée à des conditions médicales particulières, ni aucun conseil relatif à des conditions médicales spécifiques. Cependant, l'équipe d'InnerBuddies est en train d'organiser des essais cliniques indépendants (avec des universités) sur des conditions médicales spécifiques, où les conseils nutritionnels personnalisés d'InnerBuddies seront adaptés à des conditions médicales spécifiques. Après des essais cliniques positifs, cette fonctionnalité devrait être disponible dans des produits distincts qui seront disponibles via un remboursement en vertu de la réglementation sur les dispositifs médicaux pour ces conditions médicales spécifiques.

Déclaration 4 : Les laboratoires qui effectuent des tests du microbiome intestinal doivent garantir des normes de qualité élevées et la protection des données des patients, et être accrédités, enregistrés et réglementés

Au début, InnerBuddies utilisait le laboratoire de l'Université de Maastricht. À l'heure actuelle, nous utilisons deux laboratoires externes différents pour nos tests du microbiome intestinal. Ces deux laboratoires ont des normes de qualité élevées et sont accrédités et réglementés. Nous avons conclu des accords de traitement GDPR avec les deux laboratoires.

 

Déclaration 5 : Des pipelines et bases de données informatiques validés et à jour visant à délimiter la taxonomie microbienne sont nécessaires pour fournir des tests de microbiome

C'est en fait l'un des points forts de l'équipe InnerBuddies puisque nous disposons à la fois d'une expertise approfondie en microbiologie et en TIC et en intelligence artificielle au sein de notre équipe. Nous avons mis en place les éléments suivants :

• Avec nos deux laboratoires externes existants, nous utilisons deux technologies de séquençage d'ADN différentes pour les tests du microbiome intestinal : Illumina MiSeq et Oxford Nanopore. Ces deux séquenceurs d'ADN font partie des technologies de pointe en matière de tests du microbiome intestinal. Illumina MiSeq permet une taxonomie microbienne précise jusqu'au niveau du genre tandis que le séquençage Oxford Nanopore Full 16S permet une taxonomie microbienne précise jusqu'au niveau de l'espèce.
• Nous avons testé plusieurs pipelines de calcul différents pour chacun de ces séquenceurs d'ADN avec des échantillons fictifs afin de trouver le meilleur pipeline de calcul (la plus grande précision en termes de recherche des bactéries mais aussi de recherche de l'abondance correcte de chaque bactérie). Sur la base de ces comparaisons, nous pouvons affirmer que nous disposons des calculs de taxonomie microbienne les plus précis actuellement disponibles sur le marché.
• Nous utilisons la base de données SILVA pour la taxonomie microbienne. Cette base de données est également utilisée par des scientifiques du monde entier car il s'agit actuellement de la meilleure base de données validée disponible pour la taxonomie microbienne.
• Nous avons testé nos deux laboratoires externes avec des échantillons fictifs afin de passer au processus de laboratoire le plus précis pour nos échantillons. Par exemple, il est très important d'appliquer des processus de laboratoire spécifiques pour s'assurer que les bactéries Gram-positives et Gram-négatives sont correctement détectées.

Groupe de travail 2 : étapes procédurales avant le test

Ce groupe de travail se concentre sur les meilleures pratiques à appliquer avant que le test du microbiome intestinal n’ait lieu.

Déclaration 6 : Étant donné qu’il existe peu de preuves de l’applicabilité des tests du microbiome intestinal dans la pratique clinique, la demande directe par les patients de tests du microbiome sans recommandation clinique est déconseillée.

InnerBuddies reconnaît qu'il existe deux marchés pour les tests du microbiome intestinal :

• Les consommateurs curieux qui souhaitent réaliser des tests de microbiote intestinal pour voir à quoi ressemble leur microbiote intestinal. Ces consommateurs souhaitent également des conseils nutritionnels personnalisés, des conseils personnalisés sur le journal alimentaire et des conseils personnalisés sur les probiotiques et les prébiotiques. En général, ces consommateurs font partie de la population en bonne santé et sont désireux de travailler sur leur santé générale préventive.
• Tests effectués par des professionnels de la santé (pratique clinique). Il s'agit généralement de clients souffrant de problèmes médicaux spécifiques qui cherchent une solution à leurs problèmes. C'est aussi la raison pour laquelle ils parlent à des professionnels de la santé (HCP). Les HCP peuvent alors décider si un test du microbiome intestinal est judicieux pour ce patient particulier.

InnerBuddies ne commercialise pas son test du microbiome intestinal en fonction de conditions médicales. En effet, à l’heure actuelle, il existe encore peu de preuves scientifiques justifiant l’utilisation du test du microbiome intestinal pour des conditions médicales spécifiques. Cette décision est laissée aux professionnels de la santé qui peuvent fournir des recommandations cliniques aux patients.

Déclaration 7 : Avant le test, les données cliniques clés du patient, y compris celles qui pourraient influencer les caractéristiques du microbiome intestinal, doivent être collectées ; les informations essentielles à recueillir doivent au moins inclure l'âge, le sexe, l'IMC, les habitudes alimentaires, le statut tabagique et alcoolique, le temps de transit intestinal, les comorbidités et les médicaments, ainsi que les antécédents médicaux

Tous les clients d'InnerBuddies doivent remplir un questionnaire qui comprend des questions sur tous ces sujets. Nous incluons également les réponses à toutes ces questions dans la génération de conseils personnalisés en matière de nutrition, de journal alimentaire ou de probiotiques et prébiotiques.

Déclaration 8 : Les patients ne doivent pas suspendre leur traitement ni modifier leur régime alimentaire habituel avant le test, sauf recommandation du médecin traitant.

C'est exact, InnerBuddies ne fournit aucune recommandation sur la suspension des thérapies existantes. InnerBuddies ne recommande pas non plus de changer de régime alimentaire avant le test. Nous fournissons des recommandations en matière de régime alimentaire et de nutrition après avoir effectué le test. Nous le faisons de plusieurs manières :

• InnerBuddies fournit des conseils personnalisés sur le journal alimentaire. Ces conseils sont basés sur le journal alimentaire de 3 jours que les clients remplissent ainsi que sur les réponses aux questions de l'enquête (ces conseils ne sont pas basés sur le test du microbiome intestinal). Ce produit génère des conseils ligne par ligne sur le journal alimentaire de 3 jours, de manière similaire au processus normal des diététiciens. Étant donné que ces conseils sont basés sur le régime alimentaire existant suivi par le client, ils sont très pratiques et exploitables pour le client.
• Les conseils nutritionnels personnalisés d'InnerBuddies sont basés sur le test du microbiome intestinal et les réponses aux questions de l'enquête. Dans ce produit, nous recommandons des aliments spécifiques à ajouter au régime alimentaire et des aliments spécifiques à éviter.

Déclaration 9 : La collecte d’échantillons de selles doit éviter toute contamination environnementale et garantir la préservation du génome

InnerBuddies se concentre sur la collecte d'échantillons de bonne qualité et de bonne stabilité. À cette fin, nous faisons deux choses spécifiques :

• Dans notre kit de test physique, nous avons inclus tous les types de matériel qui aident le consommateur à recueillir facilement l'échantillon de selles dans les toilettes. Cela comprend un ruban de collecte que vous pouvez attacher à vos toilettes et avec lequel vous pouvez facilement récupérer les excréments afin qu'ils ne tombent pas dans l'eau des toilettes.
• Nous disposons également d'un tube contenant un liquide tampon afin que le matériau collecté reste stable et se conserve pendant environ 2 ans. InnerBuddies travaille actuellement en collaboration avec des fournisseurs pour développer des liquides tampons qui maintiennent l'échantillon stable pendant une période plus longue.

Déclaration 10 : Les échantillons collectés doivent être expédiés aux laboratoires d’analyse avec des normes d’assurance pour le séquençage du microbiome dans les délais et conditions recommandés décrits dans les instructions des kits de collecte. Une fois arrivés, les échantillons doivent être conservés à –80 °C jusqu’à leur traitement ultérieur

Nos deux laboratoires externes stockent tous les échantillons reçus séchés librement (à - 80 degrés Celsius) à leur arrivée. Les deux laboratoires ont des normes d'assurance et sont accrédités. Les deux laboratoires utilisent des machines de séquençage d'ADN différentes et leurs délais de traitement sont conformes à leurs accords de niveau de service (SLA).

Énoncé 11 : L’analyse du microbiome à partir d’échantillons biologiques autres que les matières fécales, y compris les prélèvements vaginaux, cutanés et buccaux, les échantillons de salive et de lait maternel, doit être effectuée conformément aux preuves scientifiques et aux indications cliniques existantes.

Actuellement, InnerBuddies ne traite que des échantillons de selles (à partir de matières fécales), mais nous travaillons sur des offres multi-omiques dans lesquelles nous traitons également d'autres types d'échantillons. Dans tous ces cas, nous travaillerons bien entendu en fonction des preuves scientifiques et des indications cliniques existantes.

Groupe de travail 3 : analyse du microbiome

Ce groupe de travail s'est concentré sur le processus et les techniques de laboratoire réels ainsi que sur la partie analyse du microbiome intestinal.

Énoncé 12 : Les méthodes appropriées pour le profilage de la communauté du microbiome intestinal comprennent le séquençage d’amplicons et le séquençage du génome entier

InnerBuddies utilise les technologies de séquençage de nouvelle génération (NGS) et plus particulièrement le séquençage d'amplicons de la région 16S. Pour Illumina MiSeq, nous nous concentrons sur la région 16S V3/4 tandis que pour Oxford Nanopore, nous nous concentrons sur la région Full16S. Actuellement, nous menons également des expériences avec le séquençage Shotgun (séquençage du génome entier).

Alors que les concurrents utilisent parfois des techniques comme la qPCR, la PCR ou

Énoncé 13 : La PCR multiplex et les cultures bactériennes, bien que potentiellement utiles, ne peuvent pas être considérées comme des tests du microbiome ni être utilisées comme un proxy pour le profilage du microbiome.

Voir ci-dessus avec la déclaration 12. InnerBuddies n'utilise pas de techniques telles que la PCR multiplex et les cultures bactériennes. Nous utilisons les techniques de séquençage d'amplicons plus coûteuses (et plus précises).

Énoncé 14 : Le prétraitement des données brutes séquencées doit être détaillé avant l'analyse

En effet, InnerBuddies effectue tous les types de prétraitement et de filtrage avant d'effectuer l'analyse :

1. Retrait des amorces
2. Filtrage des séquences de mauvaise qualité
3. Filtrer les séquences trop courtes ou trop longues
4. Effectuer un filtrage chimère
5. Etc.

Énoncé 15 : L’analyse du microbiome doit inclure des mesures de diversité alpha, notamment la richesse et l’uniformité

InnerBuddies fournit en effet des mesures de diversité alpha telles que l'indice de Shannon, Pielou Eveness (uniformité) et le nombre d'OTU (richesse).

Les mesures de diversité alpha sont les mesures les plus importantes de la qualité du microbiome intestinal car elles ont été liées à de nombreuses indications de santé dans la recherche scientifique.

Déclaration 16 : Les mesures de diversité bêta doivent être incluses dans l’analyse du microbiome

InnerBuddies utilise une cohorte saine qui est fondamentalement une forme de diversité bêta. Nous comparons l'abondance des 35 principales bactéries (nos bactéries clés) aux plages saines de la cohorte saine. Cela compare la qualité du microbiome intestinal à celle d'une cohorte de personnes en bonne santé connues et fournit des indications aux personnes sur les domaines dans lesquels la qualité de leur microbiome intestinal pourrait potentiellement être améliorée.

Déclaration 17 : Un profilage taxonomique complet des communautés microbiennes intestinales est un élément essentiel des tests du microbiome

InnerBuddies réalise un profilage taxonomique complet des communautés microbiennes intestinales. Les clients ou les professionnels de la santé ont même la possibilité de télécharger ces données depuis notre portail au format CSV. Cela permet une transparence totale sur le profil taxonomique complet de l'échantillon de selles.

Déclaration 18 : Une comparaison appropriée avec un groupe témoin sain apparié doit être incluse dans les tests du microbiome pour faciliter l'interprétation du profil taxonomique et de diversité du patient

InnerBuddies fait correspondre le profil taxonomique et de diversité à une cohorte saine. Au départ, InnerBuddies a commencé avec une cohorte saine que nous avons héritée de l'Université de Maastricht. Cependant, après un certain temps, InnerBuddies a collecté beaucoup plus de données clients (avec des métadonnées structurées), de sorte qu'InnerBuddies est désormais en mesure de mettre à jour périodiquement sa cohorte saine en fonction de sa vaste base de données.

InnerBuddies s'oriente désormais également vers une cohorte saine pour les voies bactériennes. Les voies bactériennes sont plus stables d'une région et d'un continent à l'autre et fourniront même une meilleure base pour la comparaison de cohortes saines. C'est encore plus avancé et à jour que ce que suggèrent les experts en microbiologie, impliqués dans les directives internationales.

Déclaration 19 : Une évaluation longitudinale du microbiome du patient à différents moments pourrait être utile dans des scénarios cliniques spécifiques

InnerBuddies permet à ses clients (et aux professionnels de santé) de réaliser plusieurs tests, effectués à différents moments, et de les comparer les uns aux autres. InnerBuddies propose également des abonnements annuels qui incluent la réalisation de plusieurs tests au cours de l'année. Cela permet aux clients de suivre les progrès qu'ils ont réalisés en suivant nos différents types de conseils personnalisés.

La plateforme InnerBuddies contient de nombreuses fonctionnalités qui permettent une comparaison facile et détaillée de ces différents tests.

Déclaration 20 : L’analyse métabolomique des fluides biologiques n’est pas recommandée dans la pratique clinique. Il est déconseillé de déduire le « potentiel métabolique » du microbiome du patient à partir de son profil taxonomique.

La plupart des recherches scientifiques menées ces deux dernières années sur le microbiome intestinal humain se sont concentrées sur les fonctions métaboliques des bactéries plutôt que sur l'étude de la population bactérienne seule. Différentes bactéries peuvent avoir des fonctions biologiques similaires. C'est ce qu'on appelle le « potentiel métabolique » du microbiome intestinal, car en examinant les voies métaboliques, on peut essentiellement observer les fonctions biologiques exercées par les bactéries du microbiome intestinal.

Il existe différentes bibliothèques technologiques à utiliser pour calculer les voies métaboliques. InnerBuddies utilise PictRust2, qui est la bibliothèque la plus respectée et utilisée dans la plupart des articles de recherche scientifique. Il existe deux types de séquençage d'ADN sur lesquels ces bibliothèques peuvent être utilisées :

• Séquençage 16S (également appelé séquençage d'amplicon)
• Séquençage du fusil de chasse

Vous trouverez ci-dessous un aperçu de ces deux types de séquençage.

Actuellement, InnerBuddies utilise le séquençage d'amplicon 16S dans son produit. La raison est qu'il s'agit de la méthode la plus précise pour le profilage des bactéries. Pour le profilage fonctionnel (prédire le potentiel de la voie métabolique), le séquençage shotgun est plus précis, mais cette méthode est plus de 2 fois plus chère que le séquençage d'amplicon 16S (ce qui augmenterait le prix du produit InnerBuddies d'un facteur 2).

InnerBuddies s'efforce toujours d'obtenir le meilleur rapport qualité/prix pour ses produits. Sur la base de recherches scientifiques, nous savons que le profilage fonctionnel à partir du séquençage d'amplicons 16S atteint environ 90 % de la précision obtenue avec le profilage fonctionnel à partir du séquençage shotgun. Alors que pour la pratique clinique, le prix réel du produit de test peut être moins pertinent, pour l'utilisation grand public du produit InnerBuddies, le prix est très pertinent (puisque les clients doivent le payer eux-mêmes).

D'un point de vue scientifique, le plus précis serait d'utiliser le séquençage de l'amplicon 16S pour le profilage des bactéries et le séquençage shotgun pour le profilage fonctionnel. Au total, cela augmenterait le prix du produit InnerBuddies d'un facteur 3. InnerBuddies a donc choisi d'utiliser le séquençage de l'amplicon 16S pour les deux objectifs afin de maintenir le prix du produit à un niveau bas. Étant donné que la précision du profilage fonctionnel est d'environ 90 % de la précision du séquençage shotgun, il s'agit pour InnerBuddies d'un compromis acceptable.

Lorsque le produit InnerBuddies sera utilisé en pratique clinique (pour des indications médicales spécifiques), cela pourrait nous amener à inclure également le séquençage shotgun dans le produit. Étant donné que le produit de pratique clinique serait probablement couvert par le remboursement des assurances maladie, l'équilibre en termes de qualité et de coût serait différent. À des fins de pratique clinique, nous privilégions plutôt le séquençage shotgun. D'ailleurs, InnerBuddies utilise déjà actuellement le séquençage shotgun pour son activité sur le microbiome du sol InnerSoils.

Groupe de travail 4 : caractéristiques des rapports

Ce groupe de travail s’est concentré sur les bonnes pratiques en matière d’affichage des résultats et de conseils issus de l’analyse du microbiome.

Déclaration 21 : Les données concernant les antécédents médicaux du patient doivent apparaître dans le rapport final

InnerBuddies affiche les réponses au questionnaire d'enquête dans le cadre de son tableau de bord client.

Énoncé 22 : Le rapport doit détailler brièvement le protocole de test, y compris les méthodes de collecte et de stockage des selles, l'extraction de l'ADN, l'amplification, le séquençage et les analyses post-séquençage

Nous considérons que ce type d'informations appartient à la propriété intellectuelle (PI) d'InnerBuddies. Il a fallu beaucoup de temps, d'argent et d'efforts pour parvenir à un flux de travail d'analyse du microbiome intestinal de qualité élevée et stable.

Cependant, à des fins de pratique clinique, nous comprenons que ce type d'informations est pertinent pour les professionnels de la santé. Une fois que nous lancerons nos produits de pratique clinique (axés sur des conditions médicales spécifiques), nous inclurons évidemment ce type d'informations.

Énoncé 23 : Les mesures de diversité alpha et bêta évaluées lors de la phase de test doivent être incluses dans le rapport final

InnerBuddies inclut les deux types de données à la fois dans son tableau de bord client mais également dans ses rapports PDF.

Énoncé 24 : La composition du microbiome doit être décrite avec la résolution taxonomique la plus approfondie possible

InnerBuddies fournit une résolution taxonomique au niveau du genre pour les tests de région Illumina MiSeq 16S V3/4. Nous ne fournissons pas de résolution au niveau de l'espèce pour cette analyse, car nous savons qu'elle n'est pas suffisamment précise (bien que nous voyions des concurrents la fournir avec ce type de technologie).

InnerBuddies fournit une résolution taxonomique au niveau de l'espèce pour les tests Oxford Nanopore Full16S. Nous ne fournissons pas de résolution au niveau de la souche pour cette analyse, car nous savons qu'elle n'est pas suffisamment précise.

Nos clients peuvent télécharger le profil taxonomique complet aux formats CSV et Excel depuis notre tableau de bord client. Il s'agit d'une fonctionnalité tout à fait unique, car la plupart des sociétés de tests du microbiome intestinal ne proposent pas cette option.

Déclaration 25 : Le rapport doit inclure tous les taxons qui s'écartent de manière significative des témoins sains correspondants et des pathogènes microbiens connus. Le rapport sur les taxons et les groupes spécifiques pertinents pour la santé, quelle que soit leur abondance, pourrait être intéressant, malgré le peu de preuves d'un lien de cause à effet avec les maladies humaines

InnerBuddies inclut ces deux aspects dans ses rapports. InnerBuddies utilise son top 35 des bactéries importantes (bactéries clés). Ce top 35 a été établi comme étant les bactéries pour lesquelles la science possède le plus de connaissances disponibles. InnerBuddies a divisé ces bactéries en bactéries positives, bactéries négatives et autres bactéries pertinentes (la science sait que ces autres bactéries pertinentes sont importantes, mais elle n'est pas encore sûre à 100 % si ces bactéries sont bonnes ou mauvaises).

Les 35 principales bactéries sont comparées en termes d'abondance avec notre cohorte saine. Pour chaque bactérie du top 35, nous incluons des informations sur le rôle et la fonction de cette bactérie.

Déclaration 26 : La déclaration du rapport Firmicutes/Bacteroidetes dans les tests du microbiome est déconseillée

Bien que de nombreuses autres sociétés de tests du microbiote intestinal fournissent effectivement ce ratio dans leur rapport, InnerBuddies a décidé de ne pas le faire. Il s'agit d'une coutume assez ancienne d'inclure ce ratio spécifique et la science sait actuellement que ce ratio n'est pas vraiment important et concluant.

Déclaration 27 : Il n’existe pas suffisamment de preuves pour inclure un indice de dysbiose dans le rapport des tests du microbiome, mais ces mesures justifient des recherches plus approfondies

Nous avons effectivement vu d'autres sociétés de test du microbiome intestinal proposer des éléments tels que « l'indice de dysbiose » ou « l'indice de santé intestinale générale », essayant essentiellement d'afficher la santé intestinale sous la forme d'un chiffre simple. Alors que de nombreux scientifiques s'efforcent de trouver un indice aussi simple, il n'existe actuellement aucune méthode généralement acceptée et correcte pour afficher la santé intestinale sous la forme d'un chiffre simple. Par conséquent, InnerBuddies a décidé de ne pas inclure un tel chiffre dans son tableau de bord client ou dans ses rapports PDF pour le moment. Cependant, nous travaillons avec des universités sur de nouvelles innovations qui pourraient rendre possible un chiffre aussi simple sur la santé intestinale.

Énoncé 28 : En général, il n’existe pas suffisamment d’informations pour établir des plages de référence strictes et saines pour l’abondance relative des espèces.

L'une des meilleures pratiques mentionnées ci-dessus consiste à utiliser une cohorte saine (diversité bêta) pour comparer la composition du microbiome intestinal de l'échantillon de selles avec la cohorte saine. InnerBuddies utilise une cohorte saine qui est définie au niveau du « genre » et non au niveau de l'« espèce ». Et c'est précisément à cause de cette directive, car il n'y a pas suffisamment d'informations pour signaler les niveaux minimaux et maximaux d'une cohorte saine en fonction des niveaux d'abondance relative des espèces.

Énoncé 29 : L'utilisation d'une infographie conviviale, par exemple des diagrammes à barres ou des diagrammes en boîte affichant les abondances relatives des taxons clés, est recommandée pour rendre le rapport facilement interprétable, tandis que les ordinations simples des taxons doivent être évitées.

Depuis sa création en 2021, InnerBuddies a consacré beaucoup de temps à réfléchir à la meilleure façon de présenter les informations sur les tests du microbiome intestinal à ses clients à l'aide de techniques de visualisation. Nous utilisons en effet des visualisations infographiques pour montrer comment l'abondance d'une bactérie particulière se compare aux plages saines pour cette bactérie.

Déclaration 30 : Le comité déconseille de signaler tout conseil thérapeutique post-test de la part du prestataire de tests

Le groupe d'experts a indiqué qu'il n'y avait pas encore suffisamment de preuves pour pouvoir fournir des conseils thérapeutiques post-test basés sur les tests du microbiome intestinal. InnerBuddies fournit cependant trois types de conseils personnalisés :

1. Conseils nutritionnels personnalisés
2. Conseils personnalisés sur le journal alimentaire
3. Conseils personnalisés en probiotiques et prébiotiques

Cependant, InnerBuddies fournit ces conseils non seulement sur la base des résultats du test du microbiome intestinal, mais aussi sur la base des réponses au questionnaire d'enquête et du journal alimentaire de 3 jours que les clients remplissent. En fait, les conseils personnalisés sur le journal alimentaire sont principalement basés sur le journal alimentaire de 3 jours et non sur le test du microbiome intestinal. De plus, les conseils personnalisés sur les probiotiques et les prébiotiques sont davantage basés sur le questionnaire d'enquête que sur le test du microbiome intestinal. Il y a une raison simple à cela :

• La plupart des probiotiques ont été cliniquement validés sur des fonctions et des groupes cibles spécifiques. Ces informations proviennent du questionnaire d'enquête et non du test du microbiome intestinal.
• De nombreuses souches bactériennes validées cliniquement sont dites « souches bactériennes synthétiques », ce qui signifie qu’elles ont été fabriquées en laboratoire et ne sont pas naturellement présentes dans le microbiome intestinal. Par conséquent, un test du microbiome intestinal ne pourra généralement pas mesurer ces souches bactériennes, à moins que le client n’ait récemment pris cette souche probiotique spécifique dans le cadre d’un complément alimentaire.

Les conseils nutritionnels personnalisés d'InnerBuddies sont basés sur une combinaison de 3 sources de données (questionnaire, journal alimentaire de 3 jours et test du microbiote intestinal), mais pour la partie microbiote intestinal, ils sont fortement basés sur des ensembles de données et des algorithmes spécifiques qui sont la propriété d'InnerBuddies. Ceux-ci ne sont pas disponibles pour le domaine scientifique. InnerBuddies travaille cependant en collaboration avec des universités pour valider ces ensembles de données et algorithmes propriétaires dans le cadre d'essais cliniques. Une fois que les recherches seront disponibles en termes de publications scientifiques, vous pourrez les trouver sur ce site Web. Mais convertir les tests du microbiote intestinal en conseils nutritionnels personnalisés est définitivement à la pointe de la technologie et InnerBuddies est assez unique dans ce domaine.

Énoncé 31 : Les données brutes peuvent être fournies au patient sur demande (par exemple, pour une analyse de deuxième avis) sous forme d'amplicons ou de lectures métagénomiques (en fonction de la méthode de séquençage)

Oui, InnerBuddies permet à ses clients de télécharger le profil taxonomique complet depuis son tableau de bord client.

Groupe de travail 5 : pertinence des tests du microbiome dans la pratique clinique : présent et futur

Ce groupe de travail s’est principalement concentré sur l’utilisation future des tests du microbiome intestinal dans la pratique clinique.

Déclaration 32 : Il n’existe pas suffisamment de preuves pour recommander largement l’utilisation systématique des tests du microbiome dans la pratique clinique, qui devrait être appuyée par des études dédiées

En effet, à l’heure actuelle, les tests du microbiote intestinal ne sont pas largement utilisés dans la pratique clinique. Cependant, compte tenu des preuves de plus en plus nombreuses de l’importance de la santé du microbiote intestinal pour la santé humaine, les experts s’attendent à ce que les tests du microbiote intestinal deviennent aussi courants qu’un test sanguin dans la pratique clinique dans les 5 à 10 prochaines années. InnerBuddies veut être à l’avant-garde de cette évolution. C’est pourquoi InnerBuddies travaille activement en collaboration avec les universités pour tester son algorithme de personnalisation dans le cadre d’essais cliniques, ciblés sur des conditions médicales spécifiques.

Énoncé 33 : Les données qualitatives ou quantitatives récupérables à partir des rapports sur le microbiome pourraient être utiles dans la gestion de plusieurs troubles, bien qu'il n'existe pas encore suffisamment de preuves pour les appliquer dans la pratique clinique

C'est exact. Cependant, de nombreux projets de recherche explorent l'utilisation pratique des tests du microbiome intestinal pour des pathologies spécifiques. InnerBuddies, par exemple, participe à des études sur l'obésité, le syndrome du côlon irritable, le stress et d'autres pathologies. Ces produits ne seront évidemment lancés qu'une fois que des données d'essais cliniques positives seront disponibles.

Déclaration 34 : Des études visant à évaluer la valeur du profilage du microbiome dans différents troubles sont nécessaires pour permettre l’introduction des tests dans la pratique clinique

Oui, de nombreuses études sont en cours pour évaluer la précision de l’utilisation des tests du microbiome intestinal pour « tester » des maladies spécifiques, dans l’espoir que des tests puissent être développés pour donner un avertissement précoce de ces maladies.

Déclaration 35 : La divulgation des avantages et des inconvénients potentiels des tests du microbiome, ainsi que la formation sur les bases de la science du microbiome et sur l’interprétation des rapports sur le microbiome, sont préconisées pour favoriser et diffuser leur utilisation dans la pratique clinique.

Oui, InnerBuddies travaille en collaboration avec des professionnels de la santé pour les informer des avantages des tests du microbiome intestinal et de ce qui est scientifiquement possible aujourd'hui. InnerBuddies continuera à le faire une fois que davantage de données scientifiques seront disponibles et que ces types de tests seront utilisés plus largement dans la pratique clinique.