Waarom zijn internationale richtlijnen voor het testen van het darmmicrobioom in de klinische praktijk belangrijk?

Op 5 december 2024 publiceerde een internationale groep microbiologiewetenschappers hun internationale consensusverklaring over microbioomtesten in de klinische praktijk in de Lancet ( zie link hier ). Dit artikel was bedoeld om internationale richtlijnen te geven voor goede darmmicrobioomtestpraktijken voor gebruik in de klinische praktijk. Aangezien het wetenschappelijk bewijs blijft toenemen over het grote belang van de micro-organismen in het darmmicrobioom en hoe ze zich verhouden tot veel aspecten van de menselijke gezondheid, geloven experts dat darmmicrobioomtechnologie steeds meer zal worden gebruikt in de klinische praktijk. Daarom is het belangrijk om internationale richtlijnen op te stellen voor het gebruik van darmmicrobioomtesten in de klinische praktijk.

Hoe verhoudt de InnerBuddies-test zich tot deze internationale richtlijnen?

InnerBuddies is een wetenschappelijk gedreven bedrijf en we zijn een spin-off van de Universiteit van Maastricht. Dat betekent dat we er altijd op gericht zijn om ervoor te zorgen dat onze producten up-to-date zijn met de nieuwste wetenschappelijke kennis en ontwikkelingen. Dus we wilden natuurlijk graag ons bestaande product toetsen aan de internationale richtlijnen die zijn opgesteld door een internationale groep experts.

De internationale richtlijnen bestaan ​​uit 35 verschillende statements verdeeld over vijf verschillende werkgroepen. Hieronder zullen we alle 35 verschillende statements doornemen en uitleggen hoe de InnerBuddies-technologie aansluit bij al deze statements.

Zoals u hieronder kunt zien, voldoet InnerBuddies volledig aan 32 van de 35 richtlijnen en gedeeltelijk aan de overige 3 richtlijnen.

Werkgroep 1: algemene principes en minimumvereisten voor het aanbieden van microbioomtesten

Deze werkgroep richtte zich op algemene principes en enkele minimumvereisten voor microbioomtesten.

Stelling 1: Aanbieders van microbioomtesten moeten een redelijke, betrouwbare, transparante en wetenschappelijke weergave van de test communiceren, waarbij klanten duidelijk op de hoogte worden gebracht van het schaarse bewijs voor de toepasbaarheid ervan in de klinische praktijk.

InnerBuddies richt zich op:

• Alleen functionaliteit opnemen in het dashboard en de rapporten waarvoor wij vinden dat er voldoende wetenschappelijk bewijs is. Alle functionaliteit die op ons platform wordt gelanceerd, moet worden goedgekeurd door Koen Venema, een bekende internationale microbiologie-expert met meer dan 30 jaar ervaring met een achtergrond van Wageningen University, Maastricht University en TNO.
• De wetenschappelijke taal vertalen naar taal die begrijpelijk is voor gewone consumenten. Dat is nou net het moeilijkste deel van ons werk, al dit wetenschappelijke materiaal vertalen naar taal die klanten kunnen begrijpen.
• Voor correct gebruik in de klinische praktijk, zou darmmicrobioomtesten dichter bij specifieke medische indicaties moeten komen. Echter, op dit moment is er nog steeds beperkt bewijs (en nauwkeurigheid) om dit te kunnen doen. Daarom is het huidige InnerBuddies-product gericht op de gezonde bevolking en algemene gezondheidsonderwerpen (en niet op specifieke medische indicaties).

Stelling 2: Het aanbieden van een microbioomtest omvat een complex raamwerk, van het verzamelen van biologische monsters tot het sequencen van het microbiële genoom en computationele analyses, tot het vrijgeven van een interpreteerbaar rapport. Daarom
moeten aanbieders van microbioomtesten een multi-disciplinair team van experts met verschillende competenties hebben.

Dit is eigenlijk waar het InnerBuddies-team een ​​sterk Unique Selling Point (USP) heeft, aangezien ons team drie verschillende disciplines combineert:

• Microbiologie, waarbij het draait om de kennis en expertise rondom laboratoriumtesten
• Diëtisten, wat draait om de kennis en expertise rondom voeding en gezondheid, maar ook om hoe je alles aan consumenten presenteert, zodat ze begrijpen wat ze doen en dat voedingsadvies op een bruikbare manier aan consumenten wordt gepresenteerd.
• Kunstmatige intelligentie (AI) draait in dit geval om het benutten van big data uit microbiologische DNA-testen om alle informatie in de DNA-sequenties te onthullen.

Stelling 3: Elke verandering in het klinische management van de patiënten op basis van microbioomtesten mag alleen worden doorgevoerd door hun verwijzende artsen of professionals in de gezondheidszorg.

Voor InnerBuddies verwijst klinisch gebruik van darmmicrobioomtesten naar het gebruik van darmmicrobioomtesten gerelateerd aan specifieke medische aandoeningen. We hebben dit op de volgende manieren vertaald:

• We scheiden "consumentengebruik" van darmmicrobioomtesten van "professionals in de gezondheidszorg". We bedienen beide typen klanten. Maar onze ervaring heeft ook geleerd dat consumenten de informatie op een zeer eenvoudige en uitvoerbare manier nodig hebben, terwijl professionals in de gezondheidszorg meer technische informatie willen zien. Daarom zullen we een aparte "expertinformatie"-module voor professionals in de gezondheidszorg maken, die meer gedetailleerde technische informatie over de darmmicrobioomtest bevat.
• In ons huidige InnerBuddies-product bieden we geen medische conditiegerelateerde beoordeling van het darmmicrobioom of advies met betrekking tot specifieke medische condities. Het InnerBuddies-team is echter bezig met het organiseren van onafhankelijke klinische proeven (met universiteiten) rondom specifieke medische condities, waarbij het gepersonaliseerde voedingsadvies van InnerBuddies wordt afgestemd op specifieke medische condities. Na positieve klinische proeven is het de bedoeling dat deze functionaliteit beschikbaar komt voor deze specifieke medische condities in afzonderlijke producten die beschikbaar zullen zijn via vergoeding door zorgverzekeraars onder de regelgeving voor medische hulpmiddelen.

Stelling 4: Laboratoria die testen op het darmmicrobioom uitvoeren, moeten hoge kwaliteitsnormen en bescherming van patiëntgegevens garanderen en geaccrediteerd, geregistreerd en gereguleerd zijn.

Toen InnerBuddies begon, gebruikten we het laboratorium van de Universiteit van Maastricht. Momenteel gebruiken we twee verschillende externe laboratoria voor onze darmmicrobioomtesten. Beide laboratoria hebben hoge kwaliteitsnormen en zijn geaccrediteerd en gereguleerd. Met beide laboratoria hebben we AVG-verwerkingsovereenkomsten.

Stelling 5: Gevalideerde en up-to-date computersoftwarepijplijnen en databases gericht op het afbakenen van microbiële taxonomie zijn vereist om microbioomtesten te kunnen uitvoeren

Dit is eigenlijk één van de sterkste punten van het InnerBuddies-team, aangezien we zowel een diepe expertise in microbiologie als ICT en kunstmatige intelligentie in ons team hebben. We hebben de volgende dingen geregeld:

• Met onze twee bestaande externe laboratoria gebruiken we twee verschillende DNA-sequencingtechnologieën voor het testen van het darmmicrobioom: Illumina MiSeq en Oxford Nanopore. Beide DNA-sequencers behoren tot de state-of-the-art in het testen van het darmmicrobioom. Illumina MiSeq maakt een nauwkeurige microbiële taxonomie mogelijk tot op Genus-niveau, terwijl Oxford Nanopore Full 16S-sequencing een nauwkeurige microbiële taxonomie mogelijk maakt tot op Species-niveau.
• We hebben meerdere verschillende berekeningspijplijnen getest voor elk van deze DNA-sequencers met mock samples om de beste berekeningspijplijn te vinden (hoogste nauwkeurigheid in termen van het vinden van de bacteriën, maar ook het vinden van de juiste hoeveelheid van elke bacterie). Op basis van deze vergelijkingen kunnen we stellen dat we de meest nauwkeurige microbiële taxonomieberekeningen hebben die momenteel op de markt verkrijgbaar zijn.
• We gebruiken de SILVA-database voor microbiële taxonomie. Deze database wordt ook gebruikt door wetenschappers over de hele wereld, aangezien dit momenteel de beste beschikbare gevalideerde database is voor microbiële taxonomie.
• We hebben beide externe laboratoria getest met mock samples (nep monsters waarvan we precies weten wat er in zit) om het meest nauwkeurige labproces voor onze monsters te vinden. Het is bijvoorbeeld erg belangrijk om specifieke labprocessen toe te passen om ervoor te zorgen dat zowel grampositieve als gramnegatieve bacteriën correct worden gevonden.

Werkgroep 2: procedurele stappen vóór het testen

Deze werkgroep richt zich op best practices die kunnen worden toegepast voordat de daadwerkelijke darmmicrobioomtest plaatsvindt.

Stelling 6: Omdat er weinig bewijs is voor de toepasbaarheid van darmmicrobioomtesten in de klinische praktijk, wordt het directe verzoek van patiënten om microbioomtesten zonder klinische aanbeveling afgeraden.

InnerBuddies erkent dat er twee markten zijn voor het testen van het darmmicrobioom:

• Consumenten die nieuwsgierig zijn en een darmmicrobioomtest willen uitvoeren om te zien hoe hun darmmicrobioom eruitziet. Deze consumenten willen ook gepersonaliseerd voedingsadvies, gepersonaliseerd voedingsdagboekadvies en gepersonaliseerd probiotica- en prebioticaadvies. Over het algemeen maken deze consumenten deel uit van de gezonde bevolking en willen ze graag aan hun preventieve algemene gezondheid werken.
• Testen via zorgprofessionals (klinische praktijk). Dit zijn doorgaans klanten met specifieke medische aandoeningen die een oplossing voor hun problemen zoeken. Daarom praten ze ook met zorgprofessionals (HCP's). HCP's kunnen dan beslissen of een darmmicrobioomtest zinvol is voor die specifieke patiënt.

InnerBuddies brengt zijn darmmicrobioomtest niet op basis van medische aandoeningen op de markt. Omdat er op dit moment inderdaad nog beperkt wetenschappelijk bewijs is om darmmicrobioomtesten te gebruiken voor specifieke medische aandoeningen. Deze beslissing wordt overgelaten aan zorgprofessionals die patiënten klinische aanbevelingen kunnen geven.

Stelling 7: Voordat er getest wordt, moeten belangrijke klinische gegevens van de patiënt worden verzameld, met inbegrip van gegevens die van invloed kunnen zijn op de kenmerken van het darmmicrobioom. Essentiële informatie die moet worden verzameld, moet ten minste de volgende informatie omvatten: leeftijd, geslacht, BMI, voedingsgewoonten, rook- en alcoholstatus, darmpassagetijd, comorbiditeiten en medicijnen, en medische voorgeschiedenis.

Alle InnerBuddies-klanten vullen een enquête in die inderdaad vragen over al deze onderwerpen bevat. We nemen de antwoorden op al deze vragen ook op in de generatie van het gepersonaliseerde advies in termen van voeding, voedseldagboek of probiobitcs & prebiotica.

Stelling 8: Patiënten mogen hun therapie niet onderbreken of hun gebruikelijke dieet wijzigen vóór de test, tenzij dit door de verwijzende arts wordt aanbevolen.

Dit is correct, InnerBuddies geeft geen aanbevelingen over het staken van bestaande therapieën. InnerBuddies raadt ook niet aan om diëten te veranderen voor het testen. We geven wel dieet- en voedingsadviezen na het uitvoeren van de test. We doen dat op verschillende manieren:

• InnerBuddies biedt een gepersonaliseerd voedingsdagboekadvies. Dit is gebaseerd op het 3-daagse voedingsdagboek dat klanten invullen plus de antwoorden op de enquêtevragen (dit advies is niet gebaseerd op de darmmicrobioomtest). Dit product genereert een rij-voor-rijadvies over het 3-daagse voedingsdagboek, vergelijkbaar met het normale proces van diëtisten. Omdat dit advies is gebaseerd op het bestaande dieet dat de klant volgt, is het zeer praktisch en uitvoerbaar voor de klant om op te volgen.
• Het gepersonaliseerde voedingsadvies van InnerBuddies is gebaseerd op de darmmicrobioomtest en de antwoorden op de vragen uit de enquête. In dit product raden we specifieke voedingsmiddelen aan die aan het dieet moeten worden toegevoegd en specifieke voedingsmiddelen die moeten worden vermeden.

Stelling 9: Bij het verzamelen van ontlastingsmonsters moet elke verontreiniging vanuit de omgeving worden vermeden en moet het behoud van het genoom worden gewaarborgd

InnerBuddies richt zich op het verzamelen van samples met een goede kwaliteit en stabiliteit. Hiervoor doen we twee specifieke dingen:

• In onze fysieke testkit hebben we allerlei materialen opgenomen die de consument helpen om eenvoudig het ontlastingsmonster in het toilet te verzamelen. Hieronder valt een verzameltape die u aan uw toilet kunt bevestigen en waarmee u de poep eenvoudig kunt opvangen zodat deze niet in het toiletwater valt.
• We hebben ook een buisje met een buffervloeistof, zodat het verzamelde materiaal ongeveer 2 jaar stabiel en houdbaar blijft. InnerBuddies werkt momenteel samen met leveranciers om buffervloeistoffen te ontwikkelen die het monster nog beter en langer stabiel houden.

Stelling 10: Verzamelde monsters moeten worden verzonden naar testlaboratoria met service levels binnen de aanbevolen tijdsbestekken en met een gevalideerd laboratorium proces. Na aankomst moeten de monsters worden bewaard bij -80°C tot verdere verwerking

Beide externe labs slaan alle ontvangen monsters gevriesdroogd op (bij -80 graden Celsius) wanneer ze aankomen. Beide labs hebben een gevalideerd proces en zijn geaccrediteerd. Beide laboratoria gebruiken verschillende DNA-sequencingmachines en hun verwerkingstijdlijnen zijn volgens hun Service Level Agreements (SLA's).

Stelling 11: De analyse van het microbioom uit biologische monsters anders dan uit ontlasting, waaronder vaginale, huid- en orale swabs, speeksel- en moedermelkmonsters, moet worden verwerkt in overeenstemming met bestaand wetenschappelijk bewijs en klinische indicaties

InnerBuddies verwerkt momenteel alleen ontlastingsmonsters (van feces), hoewel we werken aan multi-omics-producten waarbij we ook andere soorten monsters verwerken. In al deze gevallen werken we uiteraard volgens bestaand wetenschappelijk bewijs en klinische indicaties.

Werkgroep 3: microbioomanalyse

Deze werkgroep richtte zich op het daadwerkelijke laboratoriumproces en -technieken en ook op de analyse van het darmmicrobioom.

Stelling 12: Geschikte methoden voor het profileren van de darmmicrobioomgemeenschap omvatten amplicon-sequencing en sequentiebepaling van het hele genoom.

InnerBuddies gebruikt Next Generation Sequencing (NGS) technologieën en specifiek amplicon sequencing van de 16S regio. Voor Illumina MiSeq richten we ons op de 16S V3/4 regio, terwijl we ons voor Oxford Nanopore richten op de Full16S regio. Op dit moment voeren we ook wat experimenten uit met Shotgun Sequencing (whole genome sequencing).

Hoewel concurrenten soms technieken als qPCR, PCR of flowcytometrie gebruiken (deze technieken zijn over het algemeen goedkoper dan NGS-technieken), zijn deze ook minder nauwkeurig en geven ze geen volledig beeld van de darmmicrobioomgemeenschap.

Stelling 13: Multiplex PCR en bacteriële culturen kunnen, hoewel ze potentieel nuttig zijn, niet als microbioomtest worden beschouwd en kunnen ook niet worden gebruikt als proxy voor microbioomprofilering.

Zie hierboven bij statement 12. InnerBuddies gebruikt geen technieken zoals Multiplex PCR en bacteriële culturen. Wij gebruiken de duurdere (en nauwkeurigere) amplicon sequencing technieken.

Stelling 14: De voorverwerking van ruwe sequentiegegevens moet gedetailleerd worden uitgevoerd vóór de analyse

InnerBuddies voert inderdaad verscheidene soorten voorbewerking en filtering uit voordat de analyse wordt uitgevoerd:

1. Het verwijderen van de primers
2. Het filteren van sequenties van lage kwaliteit
3. Te korte of te lange sequenties uitfilteren
4. Chimera-filtering uitvoeren
5. Enzovoort

Stelling 15: De analyse van het microbioom moet alfadiversiteitsmetrieken bevatten, waaronder rijkdom en gelijkmatigheid

InnerBuddies biedt inderdaad alfadiversiteitsmetrieken zoals Shannon's Index, Pielou Eveness (gelijkmatigheid) en het aantal OTU's (rijkdom).

Alfadiversiteitsmetingen zijn de belangrijkste metingen van de kwaliteit van het darmmicrobioom, omdat ze in wetenschappelijk onderzoek aan veel gezondheidsindicaties zijn gekoppeld.

Stelling 16: Maatregelen voor bètadiversiteit moeten worden opgenomen in de microbioomanalyse

InnerBuddies gebruikt een gezonde cohort, wat in feite een vorm van bètadiversiteit is. We vergelijken de overvloed van de top 35 bacteriën (onze keystone bacteriën) met het gezonde bereik van ons gezonde cohort. Dit vergelijkt de kwaliteit van het darmmicrobioom met een cohort van bekende gezonde mensen en biedt mensen begeleiding waar hun darmmicrobioomkwaliteit mogelijk verbeterd kan worden.

Stelling 17: Een volledige taxonomische profilering van de darmmicrobiële gemeenschappen is een essentieel onderdeel van microbioomtesten

InnerBuddies voert een volledige taxonomische profilering uit van de darmmicrobiële gemeenschappen. Het is zelfs mogelijk voor klanten of zorgprofessionals om deze gegevens te downloaden van onze portal in CSV-formaat. Dit biedt volledige transparantie in het volledige taxonomische profiel van het ontlastingsmonster.

Stelling 18: Een passende vergelijking met een gezonde controlegroep moet worden opgenomen in de microbioomtest om de interpretatie van het taxonomische en diversiteitsprofiel van de patiënt te ondersteunen

InnerBuddies matcht het taxonomische en diversiteitsprofiel met een gezonde cohort. InnerBuddies begon aanvankelijk met een gezonde cohort die we erfden van de Universiteit van Maastricht. Na verloop van tijd verzamelde InnerBuddies echter veel meer klantgegevens (met gestructureerde metagegevens), dus nu kan InnerBuddies zijn gezonde cohort periodiek updaten op basis van zijn uitgebreide database.

InnerBuddies gaat nu ook over op een gezonde cohort voor bacteriële paden. Bacteriële paden zijn stabieler over regio's en continenten heen en zullen zelfs een betere basis bieden voor gezonde cohortvergelijkingen. Dit is zelfs geavanceerder en actueler dan wat de microbiologie-experts, die betrokken zijn bij de internationale richtlijnen, suggereren.

Stelling 19: Een longitudinale beoordeling van het microbioom van de patiënt op verschillende tijdstippen kan nuttig zijn in specifieke klinische scenario's

InnerBuddies biedt haar klanten (en zorgverleners) de mogelijkheid om meerdere tests te doen, die op verschillende tijdstippen worden uitgevoerd, en deze met elkaar te vergelijken. InnerBuddies biedt ook jaarabonnementen aan, waarbij meerdere tests gedurende het jaar worden uitgevoerd. Hierdoor kunnen klanten de voortgang die ze hebben geboekt volgen door onze verschillende soorten gepersonaliseerde adviezen op te volgen.

Het InnerBuddies-platform beschikt over uitgebreide functionaliteiten waarmee u de verschillende tests eenvoudig en gedetailleerd met elkaar kunt vergelijken.

Stelling 20: Metabolomische analyse van biovloeistoffen wordt niet aanbevolen in de klinische praktijk. Afleiding van het 'metabolische potentieel' van het microbioom van de patiënt op basis van zijn taxonomische profiel wordt afgeraden

Het meeste wetenschappelijke onderzoek in de afgelopen twee jaar naar het menselijke darmmicrobioom is gericht op metabolomische functies van de bacteriën in plaats van alleen naar de bacteriepopulatie te kijken. Verschillende bacteriën kunnen vergelijkbare biologische functies hebben. Dit wordt het "metabolische potentieel" van het darmmicrobioom genoemd, omdat je door naar de metabolische paden te kijken, in principe naar de biologische functies kunt kijken die door de bacteriën in het darmmicrobioom worden uitgevoerd.

Er zijn verschillende technologiebibliotheken die gebruikt kunnen worden voor het berekenen van metabolische paden. InnerBuddies gebruikt PictRust2, de meest gerespecteerde bibliotheek en gebruikt in de meeste wetenschappelijke onderzoekspapers. Er zijn twee soorten DNA-sequencing waarop deze bibliotheken gebruikt kunnen worden:

• 16S-sequencing (ook wel amplicon-sequencing genoemd)
• Shotgun-sequencing

Hieronder vindt u een overzicht van deze twee soorten sequencing.

Op dit moment gebruikt InnerBuddies 16S amplicon sequencing in zijn product. De reden hiervoor is dat dit de meest nauwkeurige methode is voor bacterieprofilering. Voor functionele profilering (het voorspellen van het potentieel van metabolische paden) is shotgun sequencing nauwkeuriger, maar deze methode is meer dan 2 keer zo duur dan 16S amplicon sequencing (wat de prijs van het InnerBuddies-product met een factor 2 zou verhogen).

InnerBuddies streeft altijd naar de beste prijs-kwaliteitverhouding voor haar producten. Op basis van wetenschappelijk onderzoek weten we dat de functionele profilering van 16S amplicon sequencing ongeveer 90% van de nauwkeurigheid bereikt die wordt verkregen met functionele profilering van shotgun sequencing. Terwijl voor de klinische praktijk de werkelijke prijs van het testproduct minder relevant kan zijn, is de prijs voor consumentengebruik van het InnerBuddies-product zeer relevant (aangezien klanten er zelf voor moeten betalen).

Dus vanuit een wetenschappelijk perspectief zou het het meest nauwkeurig zijn om 16S amplicon sequencing te gebruiken voor de bacterieprofilering en shotgun sequencing voor de functionele profilering. In totaal zou dit de prijs van het InnerBuddies product met een factor 3 verhogen. InnerBuddies heeft er daarom voor gekozen om de 16S amplicon sequencing voor beide doeleinden te gebruiken om de productprijs laag te houden. Aangezien de nauwkeurigheid van functionele profilering ongeveer 90% is van de nauwkeurigheid van shotgun sequencing, is dit voor InnerBuddies een acceptabel compromis.

Wanneer het InnerBuddies-product in de klinische praktijk wordt gebruikt (voor specifieke medische indicaties), kan dit ertoe leiden dat we ook shotgun-sequencing in het product opnemen. Aangezien het klinische praktijkproduct waarschijnlijk onder de vergoeding van ziektekostenverzekeringen zou vallen, zou de balans in termen van kwaliteit versus kosten anders zijn. Voor klinische praktijkdoeleinden zouden we waarschijnlijk eerder de voorkeur geven aan shotgun-sequencing. InnerBuddies gebruikt overigens momenteel al shotgun-sequencing voor zijn InnerSoils-bodemmicrobioombedrijf.

Werkgroep 4: kenmerken van rapporten

Deze werkgroep richtte zich op de vraag wat goede praktijken zijn op het gebied van het weergeven van de resultaten en adviezen van microbioomanalyses.

Stelling 21: Gegevens over de medische geschiedenis van de patiënt moeten in het eindrapport worden opgenomen

InnerBuddies geeft de antwoorden op de enquêtevragenlijst weer op het klantendashboard.

Stelling 22: Het rapport moet kort het testprotocol beschrijven, inclusief methoden voor het verzamelen en bewaren van ontlasting, DNA-extractie, amplificatie, sequentiebepaling en post-sequentieanalyses.

Wij beschouwen dit soort informatie als behorend tot het Intellectuele Eigendom (IP) van InnerBuddies. Het kostte veel tijd, geld en moeite om tot een darmmicrobioomanalyseworkflow van hoge en stabiele kwaliteit te komen.

Voor klinische praktijkdoeleinden begrijpen we echter dat dit soort informatie relevant is voor professionals in de gezondheidszorg. Zodra we onze klinische praktijkproducten lanceren (met de focus op specifieke medische aandoeningen), zullen we dit soort informatie uiteraard opnemen.

Stelling 23: Alfa- en bètadiversiteitsmaatregelen die in de testfase zijn beoordeeld, moeten in het eindrapport worden opgenomen

InnerBuddies neemt beide soorten gegevens op in het klantendashboard en in de PDF-rapporten.

Stelling 24: De samenstelling van het microbioom moet worden beschreven met de diepst mogelijke taxonomische resolutie

InnerBuddies biedt taxonomische resolutie op genusniveau voor de Illumina MiSeq 16S V3/4-regiotest. We bieden geen resolutie op speciesniveau voor deze analyse, omdat we weten dat deze niet nauwkeurig genoeg is (hoewel we wel concurrenten zien die dit met dit type technologie bieden).

InnerBuddies biedt taxonomische resolutie op soortniveau voor de Oxford Nanopore Full16S-test. We bieden geen resolutie op stamniveau voor deze analyse, omdat we weten dat deze niet nauwkeurig genoeg is.

Onze klanten kunnen het volledige taxonomische profiel downloaden in CSV- en Excel-formaten van ons klantendashboard. Dit is een vrij unieke functionaliteit, aangezien de meeste bedrijven die darmmicrobioom testen aanbieden deze optie niet bieden.

Stelling 25: Het rapport moet alle taxa bevatten die significant afwijken van gezonde gematchte controles en bekende microbiële pathogenen. Het rapport van specifieke gezondheidsrelevante taxa en clusters, ongeacht hun hoeveelheid, kan interessant zijn, ondanks het schaarse bewijs voor een causaal verband met menselijke ziekten.

InnerBuddies neemt beide aspecten op in haar rapportage. InnerBuddies gebruikt haar top 35 van belangrijke bacteriën (keystone bacteriën). Deze top 35 is vastgesteld als die bacteriën waarover de wetenschap de meeste kennis beschikbaar heeft. InnerBuddies verdeelt deze bacteriën in positieve bacteriën, negatieve bacteriën en andere relevante bacteriën (de wetenschap weet dat deze andere relevante bacteriën belangrijk zijn, maar de wetenschap is er nog niet 100% zeker van of deze bacteriën goed of slecht zijn).

Alle top 35 bacteriën worden vergeleken in termen van hoeveelheid met ons gezonde cohort. Voor elke bacterie in de top 35 voegen we informatie toe over de rol en functie van die bacterie.

Stelling 26: Het rapporteren van de Firmicutes-tot-Bacteroidetes-verhouding in de microbioomtest wordt afgeraden

Terwijl veel andere bedrijven die darmmicrobioom testen aanbieden deze verhouding inderdaad in hun rapport vermelden, heeft InnerBuddies besloten dit niet te doen. Het is een vrij oude gewoonte om deze specifieke verhouding op te nemen en de wetenschap is zich er momenteel van bewust dat deze verhouding niet echt belangrijk en nauwkeurig is.

Stelling 27: Er is onvoldoende bewijs om een ​​dysbiose-index op te nemen in het rapport van microbioomtesten, maar deze statistieken rechtvaardigen verder onderzoek

We hebben inderdaad andere bedrijven welke darmmicrobioom testen aanbieden zaken zien opnemen als "Dysbiosis Index" of "General Gut Health Index", die in feite proberen de darmgezondheid in een eenvoudig getal weer te geven. Hoewel veel wetenschappers werken aan het proberen om zo'n eenvoudige index te vinden, is er momenteel geen algemeen geaccepteerde en correcte methode om darmgezondheid in een eenvoudig getal weer te geven. Daarom heeft InnerBuddies besloten om zo'n getal nog niet in het klantendashboard of PDF-rapporten op te nemen. Hoewel we wel met universiteiten samenwerken aan nieuwe innovaties die zo'n eenvoudig getal voor darmgezondheid mogelijk zouden kunnen maken.

Stelling 28: Over het algemeen is er niet genoeg informatie om strikt gezonde referentiebereiken van de relatieve hoeveelheid van soorten te rapporteren

Een van de hierboven genoemde best practices is het gebruiken van een gezonde cohort (bètadiversiteit) om de samenstelling van het darmmicrobioom uit het ontlastingsmonster te vergelijken met het gezonde cohort. InnerBuddies gebruikt een gezonde cohort die is gedefinieerd op "genus"-niveau, niet op "species"-niveau. En dit is precies vanwege deze richtlijn, aangezien er niet genoeg informatie is om min-max-niveaus van een gezonde cohort te rapporteren op basis van de relatieve hoeveelheid op soort (species) niveau.

Stelling 29: Het gebruik van een gebruiksvriendelijke infographic, bijvoorbeeld staafdiagrammen of boxplots die de relatieve abundanties van belangrijke taxa weergeven, wordt aanbevolen om het rapport gemakkelijk te kunnen interpreteren, terwijl eenvoudige ordeningen van taxa vermeden moeten worden.

Sinds de oprichting in 2021 heeft InnerBuddies veel tijd besteed aan het nadenken over hoe ze de informatie over darmmicrobioomtesten het beste aan haar klanten kan tonen met behulp van visualisatietechnieken. We gebruiken inderdaad infographic visualisaties om te laten zien hoe de overvloed van een bepaalde bacterie zich verhoudt tot de gezonde bereiken voor die bacterie.

Stelling 30: Het panel ontmoedigt het rapporteren van therapeutisch advies na de test door de testaanbieder.

Het deskundigenpanel heeft aangegeven dat er nog onvoldoende bewijs is om post-testing therapeutisch advies te kunnen geven op basis van de darmmicrobioomtest. InnerBuddies biedt echter drie soorten gepersonaliseerd advies:

1. Gepersonaliseerd voedingsadvies
2. Gepersonaliseerd voedingsdagboekadvies
3. Persoonlijk advies over probiotica en prebiotica

InnerBuddies biedt deze adviesproducten echter niet alleen aan op basis van de resultaten van de darmmicrobioomtest, maar ook op basis van de antwoorden op de enquêtevragenlijst en het 3-daagse voedingsdagboek dat klanten invullen. Eigenlijk is het gepersonaliseerde voedingsdagboekadvies voornamelijk gebaseerd op het 3-daagse voedingsdagboek en niet op de darmmicrobioomtest. Ook is het gepersonaliseerde probiotica- en prebioticaadvies meer gebaseerd op de enquêtevragenlijst dan op de darmmicrobioomtest. Hiervoor is een simpele reden:

• De meeste probiotica zijn klinisch gevalideerd op specifieke functies en doelgroepen. Deze informatie komt uit de enquêtevragenlijst en niet uit de darmmicrobioomtest.
• Veel van de bacteriestammen die klinisch gevalideerd zijn, zijn zogenaamde "synthetische bacteriestammen", wat betekent dat ze in een laboratorium zijn geproduceerd en niet van nature voorkomen in het darmmicrobioom. Daarom kan een darmmicrobioomtest deze bacteriestammen doorgaans niet meten, tenzij de klant onlangs deze specifieke probiotische stam als onderdeel van een voedingssupplement heeft ingenomen.

Het gepersonaliseerde voedingsadvies van InnerBuddies is gebaseerd op een combinatie van alle 3 de gegevensbronnen (vragenlijst, 3-daags voedingsdagboek en de darmmicrobioomtest), maar voor het darmmicrobioomgedeelte is het sterk gebaseerd op specifieke datasets en algoritmen die eigendom zijn van InnerBuddies. Deze zijn niet beschikbaar voor het wetenschappelijke domein. InnerBuddies werkt echter samen met universiteiten om deze gepatenteerde datasets en algoritmen te valideren in klinische onderzoeken. Zodra het onderzoek beschikbaar komt in termen van wetenschappelijke publicaties, kunt u ze op deze website vinden. Maar het omzetten van darmmicrobioomtesten in gepersonaliseerd voedingsadvies is absoluut state-of-the-art en InnerBuddies is vrij uniek in dit veld.

Stelling 31: Ruwe gegevens kunnen op verzoek aan de patiënt worden verstrekt (bijvoorbeeld voor een second opinion-analyse) in de vorm van amplicon- of metagenomische reads (afhankelijk van de sequentiemethode)

Ja, InnerBuddies biedt haar klanten de mogelijkheid om het volledige taxonomische profiel te downloaden via het klantendashboard.

Werkgroep 5: Relevantie van microbioomtesten in de klinische praktijk: heden en toekomst

Deze werkgroep richtte zich voornamelijk op het toekomstige gebruik van darmmicrobioomtesten in de klinische praktijk.

Stelling 32: Er is onvoldoende bewijs om het routinematig gebruik van microbioomtesten in de klinische praktijk op grote schaal aan te bevelen, wat ondersteund zou moeten worden door specifieke studies.

Op dit moment wordt het testen van het darmmicrobioom nog niet veel gebruikt in de klinische praktijk. Echter, gezien het toenemende bewijs van het belang van de gezondheid van het darmmicrobioom voor de gezondheid van de mens, verwachten experts dat het testen van het darmmicrobioom in de komende 5 tot 10 jaar net zo normaal zal worden als een bloedtest in de klinische praktijk. InnerBuddies wil vooroplopen in deze ontwikkeling. Daarom werkt InnerBuddies actief samen met universiteiten om zijn personalisatiealgoritme te testen in klinische proeven, gericht op specifieke medische aandoeningen.

Stelling 33: Kwalitatieve of kwantitatieve gegevens die uit microbioomrapporten kunnen worden verkregen, kunnen nuttig zijn bij het beheer van verschillende aandoeningen, hoewel er nog steeds onvoldoende bewijs is om ze in de klinische praktijk toe te passen.

Dat klopt. Er zijn echter meerdere onderzoeksprojecten die het klinische gebruik van darmmicrobioomtesten voor specifieke medische aandoeningen onderzoeken. InnerBuddies is bijvoorbeeld betrokken bij onderzoeken naar obesitas, prikkelbaredarmsyndroom, stress en andere aandoeningen. Deze producten worden uiteraard pas gelanceerd nadat positieve klinische onderzoeksgegevens beschikbaar zijn.

Stelling 34: Er zijn studies nodig die gericht zijn op het evalueren van de waarde van microbioomprofilering bij verschillende aandoeningen, zodat testen in de klinische praktijk kunnen worden toegepast.

Ja, er worden veel onderzoeken gedaan naar de nauwkeurigheid van het gebruik van darmmicrobioomtesten om te "testen" op specifieke ziektes, in de hoop dat er tests kunnen worden ontwikkeld die een vroege waarschuwing kunnen geven voor deze ziektes. InnerBuddies is bijvoorbeeld betrokken bij onderzoeken naar obesitas, prikkelbaredarmsyndroom, stress en andere aandoeningen. Deze producten worden uiteraard pas gelanceerd nadat positieve klinische onderzoeksgegevens beschikbaar zijn.

Stelling 35: Openbaarmaking van de mogelijke voordelen en valkuilen van microbioomtesten en training in de basisprincipes van microbioomwetenschap en in de interpretatie van microbioomrapporten worden bepleit om het gebruik ervan in de klinische praktijk te bevorderen en te verspreiden.

Ja, InnerBuddies werkt samen met professionals in de gezondheidszorg om hen op de hoogte te brengen van de voordelen van darmmicrobioomtesten en wat er vandaag de dag wetenschappelijk mogelijk is. InnerBuddies zal dit blijven doen zodra er meer wetenschap beschikbaar komt en dit soort testen breder in de klinische praktijk worden gebruikt.